Греко-католическая церковь в Российской империи на землях Западной Украины и Белоруссии была практически ликвидирована по Указу Николая I от 17 марта 1839 г. Это произошло в результате слияния, вернее «воссоединения», униатов с Православной церковью и перехода главы Униатской церкви Иосифа Семашко в православие. Католическая церковь в результате этого Указа потеряла полтора миллиона приверженцев.
Ухудшение положения католиков в России в связи с польскими восстаниями и политическим давлением на духовенство и верующих вызвало ответную реакцию Ватикана и осложнило отношения между правительством России и Римской курией.
Император Николай I в 1847 г. заключил конкордат с Ватиканом, призванный урегулировать спорные вопросы в отношениях России со Святым Престолом. Заключение конкордата было косвенным признанием того, что необходимо придать религиозной жизни католиков нормальный канонический характер. Впервые царская Россия заключила письменный договор с Ватиканом. Однако разногласия окончательно устранить не удалось, ибо Ватикан добивался большей свободы для католического духовенства в России, а российское правительство стремилось укрепить контроль над деятельностью духовенства. Ватикан не шел на уступки царскому правительству в вопросе о разрешении употреблять русский язык в дополнительных богослужениях латинского обряда, а также в стараниях правительства добиться послаблений для лиц, вступавших в смешанные браки. В результате начавшегося обострения отношений конкордат был расторгнут в 1865 г. Положение католиков в России улучшилось только во время понтификата папы Льва XIII (1878–1903). В 1882 г. было заключено соглашение с Ватиканом и возобновлены дипломатические отношения с ним. В 1894 г. был заключен новый Конкордат.
В 1857 г. из Высочайших указов, узаконений и статей конкордата была составлена «буква закона». Законы, относящиеся к Римско-католической церкви в России, помещены в книге I тома XI Свода законов Российской империи. И хотя конкордат был отменен в 1866 г., католическое духовенство объявлено независимым от Рима, а руководство Церковью возложено на Духовную коллегию, статьи конкордата в этом томе не были отменены до 1917 г.
Согласно «Уставам духовных дел иностранных исповеданий» (1830–1850), в которых были определены положение и правовой статус Католической церкви в России, в административно-территориальном отношении католические приходы образуют семь епархий: Могилевскую архиепархию и епархии Виленскую, Тельшевскую (или Самогитскую), Минскую, Луцко-Житомирскую, Каменецкую и Тираспольскую. «Для ближайшего надзора за приходскими церквами и их духовенством» они объединялись в особые округа. К началу XX в. в России было более 10,5 миллиона католиков. В Российской империи действовало более 5 тысяч католических церквей и каплиц, в которых служило 4,3 тысячи священников. На территории России накануне революции действовало 8 мужских и 16 женских католических монастырей. Первыми монашескими конгрегациями, получившими распространение в России с 1724 г., стали францисканцы и доминиканцы. Позже появились августинцы, кармелиты, мариане и др. Члены монашеских конгрегаций занимались не только миссионерской, но также и просветительской и благотворительной деятельностью, а именно созданием школ, приютов, богаделен, больниц.
Могилевская архидиоцезия стала самой обширной в мире, располагая приходами от Балтики до Тихого океана. Римско-католический епископат в России назначался российским правительством и утверждался Святым Престолом. Все епископы должны были давать присягу на верность русскому императору и его наследнику и лишь после этого – присягу на верность папе римскому. Согласно «Уставам», католические священники и епископы могли отправлять свою службу, только будучи российскими подданными. Для иностранцев же требовалось особое разрешение правительства, после чего они должны были «учинить присягу в верной службе и должном подданническом повиновении». Распоряжения Римской курии обретали силу только после утверждения Министерством внутренних дел. Российское католическое духовенство получало содержание из казны в размере 500 рублей в год помимо платы за выполнение церковных треб. По этим же «Уставам» «благонамереннейшие» и «усерднейшие» из священнослужителей могли быть «сопричисляемы» к российским императорским и царским орденам.
Для обучения духовенства существовали духовные семинарии в каждой диоцезии. Подготовкой богословов и высших кадров священнослужителей занималась Духовная Академия, переведенная в 1842 г. из Варшавы в Санкт-Петербург.
Таким образом, Римско-католическая церковь в России располагала развитой церковной структурой и значительным числом последователей. Несмотря на политический контроль над деятельностью духовенства, во внутрицерковную жизнь правительство не вмешивалось, ограничиваясь покровительством лояльной церковной иерархии. После Манифеста о веротерпимости от 17 апреля 1905 г. Католическая церковь была фактически уравнена в правах с Православной.