Четырёх человек — канцеляриста Судейкина, исправлявшего обязанности секретаря при покойном Нилове, и подштурманов, или штурманских учеников, Бочарова, Зябликова и Измайлова — забрали на судно силой и на берег при отплытии не отпустили. Это было сделано в наказание якобы «за содействие к открытию заговора». Известно, что Измайлов и Зябликов накануне выступления заговорщиков пытались предупредить Нилова или хотя бы его охрану о грозящей опасности, но безуспешно. В чём заключалась конкретная вина Судейкина и Бочарова перед заговорщиками — не ясно. Вероятно, вся эта четвёрка вызвала подозрение и недовольство Беньовского из-за чьего-то оговора. Не слишком-то вникая в степень их вины, Морис решил наказать их в назидание другим, дабы показать свой характер. Кроме того, штурманские ученики могли представлять особую ценность в длительном плавании, и поэтому для Мориса предлог, чтобы удержать их на судне, был не существен. Против Судейкина Беньовский был настроен особенно предубеждённо и в порядке сугубого наказания определил его на кухню.
12 мая на галиот привезли священника, чтобы отслужить напутственный молебен. Подняли паруса. Заскрипели якорные цепи. Галиот снялся с якоря и вышел в открытое море, держа курс на юг. Столпившиеся на палубе члены команды и пассажиры вглядывались в камчатский берег. Сперва исчезли из поля зрения строения Чевакинской гавани, потом зеленеющие сопки и кромка леса. Наконец растворились в тумане и заснеженные вершины гор. Для Беньовского и его сотоварищей завершалась камчатская ссылка. Впереди было продолжительное и трудное плавание, полное неожиданностей и опасности.
Ещё до отплытия заговорщиков приказные, торговые и военные люди Большерецка собрались в большерецкой канцелярии и решили покончить с безвластием. Они избрали до прибытия нового начальника временно исполняющим эту должность штурманского ученика Софьина. Это произошло 30 апреля. В тот же день Софьин объявил о недействительности присяги Павлу Петровичу и поспешил привести всех жителей Большерецка к новой присяге императрице Екатерине II.
Софьин действовал энергично. Он освидетельствовал остатки казённого имущества и обнаружил удручающую картину. В Тигильскую крепость, а также в Верхнекамчатск он направил нарочных с депешами, а у верхнекамчатского исправника просил вооружённую подмогу. Ждал первой оказии, чтобы поскорее отрапортовать в Охотск о печальных камчатских событиях. Из Верхнекамчатска не замедлили выслать помощь — два орудия и двенадцать человек нерегулярной команды. Была вытребована помощь и из Нижнекамчатска.
Возвратились задержанные заговорщиками заложники. Они сообщили, что «Святой Пётр» покинул Чевакинскую гавань и ушёл в море. Жители Большерецка могли вздохнуть с облегчением. Жизнь входила в обычное русло.
Софьин взялся писать подробное донесение охотскому начальству и для этого опрашивал одного за другим свидетелей. Делал это обстоятельно, без спешки. Работа была завершена только к середине июля. К тому времени оказался под рукой галиот «Святая Екатерина», отплывавший в Охотск. На нём и отправили донесение вместе с письмом Беньовского, адресованным в Сенат. В Охотск выехали и сам штурманский ученик Софьин, купец Казаринов и другие свидетели событий. Они везли также ведомость разграбленного и уцелевшего имущества, а также окровавленную постель Нилова в качестве вещественного доказательства.
Начальник Охотского порта Плениснер, человек преклонного возраста, медлительный и нерешительный, не принял на веру рапорт Софьина и не рискнул сразу же переслать его через иркутского генерал-губернатора в столицу. Он затеял собственное расследование, опрашивая штурманского ученика и других прибывших в Охотск свидетелей белорецкого заговора. Шли месяцы. В Петербург прибывали из Восточной Сибири люди, осведомлённые о событиях, ещё до прибытия официального донесения Плениснера. Так окольными путями императрица узнала о том, что случилось в Большерецке, и написала иркутскому генерал-губернатору генерал-лейтенанту Брилю повеление такого содержания:
«Как здесь известно сделалось, что на Камчатке в большерецком остроге за государственный преступления вместо смертной казни сосланные колодники взбунтовались, воеводу до смерти убили, в противность нашей императорской власти осмелились людей многих к присяге привести по своей вымышленной злодейской воле и потом, сев на судно, уплыли в неизвестное место, того дня повелеваем вам публиковать в Камчатке, что кто на море или сухим путём вышеперечисленных людей или сообщников их изловит и приведёт живых или мёртвых, тем выдано будет в награждение за каждого по сто рублей. Есть ли или в Охотске или Камчатке суда наёмный, то оными стараться злодеев переловить, а есть ли нет, то промышленным накрепко приказать, что есть ли сии злодеи где наедут, чтобы старались перевязать их и при возвращении отдать оных к суду ближним начальникам нашим, дабы с ними поступать можно было, как по законам надлежит, бездельникам подобным в страх и пример».