Следствие не рассмотрело основной эпизод сообщения Специальной комиссии Н.Н.Бурденко 1944 г. речь идет о переводе в апреле-мае 1940 г. части осужденных польских военнопленных в три лагеря «особого назначения» под Смоленском.
Не была исследована информация о фактах расстрелов немецкими оккупационными властями в районе Козьих Гор осенью и в начале декабря 1941 года нескольких тысяч граждан, одетых в польскую военную форму.Не проверялись свидетельства о том, что часть польских офицеров в 1940—1941 гг. оказалась в лагерях НКВД на Дальнем Востоке, Магадане и в Заполярье. Не критически отнеслись следователи ГВП к внутренне противоречивым показаниям основных свидетелей: Д.Токарева, А.Шелепина П.Сопруненко, формально подтвердившим официальную версию.
Следователям российской военной прокуратуры было запрещено в рамках уголовного дела № 159 увязывать расстрел части польских военнопленных в 1940 г. с военными преступлениями,
совершенными польской стороной в ходе польско-советской войны 1920 г.г., а также с гибелью в польском плену большого количества военнопленных и интернированных советских граждан в 1919—1922 гг. В ходе следствия не был установлен реальный мотив действий довоенного советского руководства в отношении польских военнопленных.Встреча в Главной военной прокуратуре РФ позволила сделать выводы о том, что следствие по уголовному делу № 159 не выявило реальных обстоятельств и мест гибели польских военнопленных на территории СССР в период второй мировой войны и не установило подлинных виновников расстрела польских офицеров в Катынском лесу.
Эти выводы были подтверждены 19 апреля 2010 г. бывшими сотрудниками ГВП генерал-майором юстиции Кругом Виктором Михайловичем и полковником юстиции Габовским Сергеем Ивановичем. Выступая в ходе «круглого стола» на тему «Катынская трагедия: правовые и политические аспекты»,
генерал Круг и полковник Габовский отметили следующее.Следствие по Катынскому делу изначально носило директивный характер. Следственная бригада ГВП была ориентирована не на всестороннее и объективное расследование уголовного дела № 159, а на правовое оформление политического решения Президента СССР Горбачева, а впоследствии Президента России Ельцина о признании виновными в катынском расстреле довоенных руководителей СССР и НКВД.
Были приведены факты, которые свидетельствуют о том, что направленность расследования уголовного дела № 159 во многом определило активное участие польской стороны в процессе следствии
. Так, многие материалы и большинство списков погибших польских офицеров следственной бригаде Главной военной прокуратуры были представлены польской стороной. Они вводились в уголовное дело без надлежащей проверки на предмет установления факта гибели польских граждан, а также места, времени и причин их смерти.Помимо этого некоторые члены следственной бригады нарушали процессуальную этику и требования российского законодательства. Говорилось о недопустимых фактах самовольной передачи следователями документов уголовного дела № 159 польской стороне.
Вещественные доказательства, полученные в ходе совместных с польской стороной эксгумаций польских захоронений на территории России, в нарушение всех процессуальных норм были вывезены в Польшу.Работники ГВП, участвовавшие в расследовании уголовного дела № 159, систематически посещали польское посольство в г. Москве, где для них устраивались приемы и фуршеты. Они без большой надобности выезжали за счет принимающей стороны в длительные служебные командировки и на отдых в Польшу, бесплатно получали от польских представителей оргтехнику и другие подарки.
Такой ход следствия по уголовному делу № 159 существенно ослабил позиции российской стороны в российско-польском катынском конфликте. В результате польские политики и историки получили возможность предъявлять необоснованные требования к России.