Во время похода царь познакомился и с гребенскими казаками. Очень крепко загрузил их службой, для обеспечения строительства крепости Св. Креста возложил на них заготовку леса, угля, сена. Им было велено конвоировать почту, давать подводы и сопровождение «грузинским и горским владельцам». Впрочем, требование обслуживать грузин и горцев вызвало такое возмущение казаков, что эту обязанность вскоре отменили. Но, общаясь с гребенцами, Петр обнаружил и то, что они старообрядцы. Причем не стали таковыми под действием расколоучителей, а выяснилось, что церковные реформы сюда просто не дошли. Жестокие законы Софьи против старообрядцев Петр отменил, но и сам их не жаловал, взимал с них двойной налог, приказывал нашивать на одежду позорные «тузы». Однако к концу своего правления он все же стал более взвешенным политиком, чем в юности. И распорядился гребенцов не трогать — указал, что «расколу в них нет», то есть против Церкви и государства не выступают, службу несут исправно, вот и пусть несут. Это решение стало очень важным не только для гребенцов, а для всех казаков, оно явилось юридическим прецедентом на будущее — в кампаниях против старообрядчества для казачества стало допускаться исключение.
Но в целом Петр не переставал регулировать казаков. Счел, например, что украинским казакам полезно заняться винокурением и издал об этом указ. А уж казачье самоуправление он продолжал неуклонно урезать. На Украине в 1722 г. умер гетман Скоропадский. И Петр вообще упразднил этот пост, учредив вместо него Малороссийскую коллегию. Украинские казаки направили к царю делегацию во главе с Полуботком
, просить о гетманстве. Но Петр разгневался и заточил делегатов в крепость, где они и умерли. Пришла царю идея и о том, что надо создать альтернативную силу, которая будет более послушной, чем казаки, но сможет противостоять татарским набегам. И он учредил украинскую «ландмилицию». В нее включили дворян-однодворцев, часть служилых казаков, подгребли остатки прежних, до-петровских полков, поселенных по южной границе — тех, кого еще не успели обратить в регулярные войска.А Войско Донское было лишено особого церковного статуса. Уничтожив Московскую Патриархию, Петр лично решал церковные дела, и в 1718 г. передал донские храмы и монастыри из ведения Крутицкого митрополита в Воронежскую епархию. Казаки ходатайствовали, чтобы их подчинили непосредственно Синоду, но получили отказ. На Дону царь реорганизовал управление, вместо совета старшин при атамане учредил постоянную Войсковую канцелярию. А в 1723 г. умер атаман Максим Фролов, и войсковой круг избрал Краснощекова. Петру это тоже не понравилось. По доносу астраханского губернатора он отдал Краснощекова под суд. И хотя он был оправдан, царь назначил не его, а Андрея Лопатина,
и повелел, чтобы впредь выборы войсковых атаманов на Дону вообще не проводились.В военном отношении силы донских, яицких и терских казаков Петр подчинил астраханскому губернатору и перенацелил на бевые действия на Кавказе. Для этих операций был создан Низовой корпус из 18 регулярных полков и 4 тыс. казаков. Русские десанты заняли Решт, Астару, Баку. Но такое наступление обеспокоило Турцию. Она заключила союз с Персией и тоже двинула войска в Закавказье. Мгновенно разгромила союзников царя, грузин и армян. И чуть было не началась новая русско-турецкая война. Однако Петр в этот раз совершил хитрый дипломатический маневр и предложил Стамбулу договориться. Россия признавала захваты иранских владений османами, а Порта — то, что заняли русские. Это устроило обе стороны, вместе надавили на шаха Тахмаспа, и ему осенью 1723 г. пришлось подписать мир, соглашаясь со всеми территориальными потерями. Царь торжествовал, строил проекты разработки богатств новой провинции — шелка, нефти, фруктов. Но на самом-то деле Тахмасп никакой реальной власти не имел, и договор с ним мира отнюдь не принес. Местные ханы продолжали нападать на русских, очень активно подключились кавказские горцы.