Воспользовавшись конфликтом между Пожарским и Трубецким, отдельные воеводы решили вообще никому не подчиняться. Так, 12 сентября князь Василий Тюфякин привел из Одоева 300 всадников и расположился отдельным лагерем, эдаким независимым полевым командиром.
Дело решил уладить троицкий архимандрит Дионисий. Он созвал монахов для совета — что делать. Денег в монастыре нет, нечего послать казакам, как их упросить остаться под Москвой? Решили послать казакам в заклад тысячу рублей на короткое время церковные сокровища, ризы, стихари, епитрахили саженные и написали казакам грамоту. Расчет Дионисия оказался правильным: суеверные казаки не решились брать в заклад церковные вещи. Два атамана отвезли утварь обратно в монастырь и дали монахам грамоту, в которой клятвенно обещали все претерпеть, но не уйти от Москвы.
В свою очередь, воеводы договорились встречаться на нейтральной территории на реке Неглинной.
В районе Пушечного двора, в Егорьевском монастыре и у церкви Всех святых на Кулишках были построены осадные батареи, которые открыли круглосуточный огонь калеными ядрами и мортирными бомбами по Кремлю и Китай-городу. 20 сентября от каленых ядер начался сильный пожар, сгорело три дома во дворе князя Мстиславского, полякам с большим трудом удалось погасить огонь.
Пожарский и Трубецкой договорились перегородить Замоскворецкий полуостров глубоким рвом и палисадом от одного берега Москвы-реки до другого, чтобы исключить возможность провоза продовольствия полякам. Оба воеводы попеременно, день и ночь, следили за работами.
15 сентября Пожарский послал в Кремль грамоту: «…которые из вас захотят в свою землю, тех отпустим без всякой зацепки, а которые захотят Московскому государству служить, тех пожалуем по достоинству…».
21 сентября был получен ответ: «От полковника Мозырского, хорунжего Осипа Будилы, трокского конюшего Эразма Стравинского, от ротмистров, поручиков и всего рыцарства, находящегося в московской столице, князю Дмитрию Пожарскому… Письму твоему, Пожарский, которое мало достойно того, чтобы его слушали наши шляхетские уши, мы не удивились… Мы хорошо знаем вашу доблесть и мужество; ни у какого народа таких мы не видели, как у вас, — в делах рыцарских вы хуже всех классов народа других государств и монархий. Мужеству вы подобны ослу или байбаку, который, не имея никакой защиты, принужден держаться норы… Впредь не пишите к нам ваших московских сумасбродств, — мы их уже хорошо знаем».
Это поляки, разграбившие Москву и пол-России, пишут про «честность»! Паны-рокошане разглагольствуют о верности королю. Вот как только «ослы и байбаки» загнали поляков в Кремль и разгромили Ходкевича?! В таких случаях на Украине о поляках говорили: «всравшись орет — наша берет!»
Некоторые историки обвиняют Сигизмунда в том, что он бросил московский гарнизон на произвол судьбы. Король действительно совершил много тактических и стратегических ошибок, главной из которых было столь долгое «сидение» под Смоленском. Осенью же 1612 г. он делал все, что мог. Но у короля опять не было денег. Он не заплатил польскому рыцарству за три летних месяца, и оно разъехалось по домам, забыв о своих коллегах в Москве. В итоге Сигизмунду пришлось отправиться в поход лишь с отрядом иностранных наемников и несколькими эскадронами гусар из своей гвардии. Король двинулся из Смоленска на Москву через так называемые «царские ворота». Однако перед королем «царские ворота» сорвались с петель и загородили дорогу войскам. Королю пришлось выбираться из Смоленска окольным путем. Дорогой к королю присоединился Адам Жолкевский, племянник гетмана, со своей частной армией в 1200 всадников. Король с войском прибыл в Вязьму в самом конце октября. Но к этому времени уже произошла развязка затянувшейся драмы.
По приказу князя Пожарского у Пушечного двора (близ этого места в XX веке была построена гостиница «Москва») была устроена большая осадная батарея, которая открыла с 24 сентября интенсивный огонь по Кремлю. 3 октября открыла огонь осадная батарея, построенная Первым ополчением у Никольских ворот.
21 октября поляки предложили русским начать переговоры и прислали к Пожарскому полковника Будилу. Однако переговоры затянулись, рыцарство требовало почетной капитуляции, то есть выпустить поляков из Кремля с оружием и т. п. Пожарский же был согласен лишь на безоговорочную капитуляцию.
Казаки узнали о переговорах и решили, что их лишают части добычи. 22 октября без команды главных воевод они бросились к стенам Китай-города. Поляки не ожидали нападения и растерялись. Казаки ворвались в Китай-город и выбили из него ляхов. Среди убитых были знатные паны Серадский, Быковский, Тваржинский и другие.
Потеря Китай-города несколько сбила спесь с поляков. Они вновь запросили переговоров. На сей раз переговоры велись у самой Кремлевской стены. Поляков представлял полковник Струсь, а бояр, сидевших в Кремле, — князь Мстиславский, со стороны осаждающих были Пожарский и Трубецкой.