Удаление Юнуса не привело, однако, к прочному утверждению власти его брата в Моголистане, слишком было сильно стремление могольских эмиров к независимости. Чувствуя политическую слабость ханской власти, они покидали Эсен-Буку и, обосновавшись на новых местах, отказывались признавать его власть. Так, при начавшихся смутах Мир Мухаммад-шах ушел на Ат-Баши, Мир Керим-Берди дуглат построил себе крепость в местности Ала-Буга, а Мир Хакк-Берди бекчик обосновался на Иссык-Куле. Эмиры же племени чурас и барин ушли к калмакам, калуджи и еще несколько других племен подались в «Узбекистан к Абу-л-Хайр-хану», а эмиры племени кончи и прочих аймаков скитались в степях Моголистана.
Подобную же картину наблюдаем и в золотоордынском Поволжье.
Хотя Мавераннахр, и не переживал в то время такого упадка, самаркандский правитель, однако, после разгрома войск Улугбека в районе Сыгнака в 1427 г. Барак-ханом вел скорее оборонительную, чем наступательную политику. Во всяком случае в течение последующих 20-ти лет он лично не предпринимал никаких походов в степь даже тогда, когда кочевые узбеки и моголы совершали набеги на границы его владений.
Учитывая эту политическую обстановку, кочевые племена Восточного Дешт-и Кипчака еще более усилили свою активность при Абу-л-Хайр-хане и при всяком удобном случае совершали нападения на пограничные с их улусами владения. Характерно, что ко времени правления Абу-л-Хайра основным направлением внешней политики предводителей кочевых племен Восточного Дешт-и Кипчака была не борьба за сарайский трон, а борьба с Тимуридами за присырдарьинские города и Хорезм. Последнее обстоятельство может служить показателем того, что улус Шибанидов вступил отныне в более тесные взаимоотношения со Средней Азией, которые закончились на рубеже XV–XVI вв. окончательным завоеванием государства Тимуридов внуком Абу-л-Хайр-хана Мухаммадом Шейбани. Связи же с центрами распадавшейся Золотой Орды постепенно ослабевали, хотя, по словам автора «Тарих-и касира», власть Абу-л-Хайра в годы его могущества распространялась вплоть «до пределов Булгара».
Внутриполитическое положение государства, несмотря на сорокалетнее правление Абу-л-Хайр-хана, было непрочным. Ему пришлось вести упорную и ожесточенную борьбу с многочисленными Джучидами, претендовавшими на верховную власть в Узбекском улусе. Уже в 1430 г., вскоре после того как он был провозглашен ханом, Абу-л-Хайр вынужден был выступить в поход для «приведения в повиновение» Шибанида Махмуд-Ходжа-хана. Противники встретились на берегу реки Тобола. После жаркого боя Махмуд-Ходжа-хан был разбит и обратился в бегство в надежде, что быстроногий скакун унесет его с поля брани. Однако перехитрить судьбу невозможно: он был схвачен и казнен по приказу Абу-л-Хайра. А жену Махмуд-Ходжа-хана, по имени Аганак-бике, которая по красоте своей «спорила с луной, Абу-л-Хайр-хан по мусульманскому обычаю взял в жены». Богатство и военная добыча, которые достались от противника, были поделены между воинами. «Всех высокопоставленных султанов и славных эмиров он отличил и одарил дорогими вещами, поясом и высокими должностями». Так на берегу Тобола было покончено с притязаниями Махмуд-Ходжа-хана, но явились другие претенденты, наиболее влиятельные из числа которых были Махмуд-хан и Ахмад-хан.
Следующим шагом Абу-л-Хайр-хана на пути укрепления своей власти в Узбекском улусе явился тщательно подготовленный поход против упомянутых ханов. Автор «Тарих-и Абу-л-Хайр-хани», сообщающий наиболее подробные сведения о непрерывной борьбе за власть в Узбекском улусе, называет Махмуд-хана и Ахмад-хана просто потомками Джучи. Более подробную генеалогию этих улусных ханов приводит Махмуд б. Вали. Махмуд-хан и Ахмад-хан, пишет автор «Бахр ал-асрар», были сыновьями Мухаммад-хана б. Тимур-хана б. Тимур-Кутлук-хана из потомков Тукай-Тимура сына Джучи.