Однако военные операции, оказавшиеся необходимыми при взятии города Туркестана, обладавшего знаменитой мечетью Хазрета Яссавы и считавшегося Меккой Сыр-Дарьинского края, снова привлекли внимание европейцев к Средней Азии. Князь Горчаков, бывший в то время русским канцлером, счел разумным обратиться с циркулярной нотой ко всем великим державам с объяснением проводимой политики и защитой расширения русского господства в Азии, вызываемого настоятельной необходимостью… Доводы этого циркуляра, изданного 21 ноября 1864 года, были столь убедительны, что они заставили умолкнуть уже наполовину выраженный протест, подготовленный Великобританией, и русские, пользуясь дипломатическим успехом своего канцлера, поспешили с продвижением вперед для захвата Кокандского ханства. В декабре население Туркестана сделало попытку захватить обратно свой священный город, но попытка оказалась безуспешной.
Бухарский эмир, сильно напуганный решительным продвижением русских, вступил со своей армией в Коканд и овладел Ходжентом, откуда он направил послание к русским, требуя, чтобы они приняли магометанство.
Черняев послал несколько офицеров к хану с протестом против этого требования, но посланцы сразу же были схвачены и заключены в тюрьму. Когда это стало известным, генерал Романовский был отправлен против эмира, который, в свою очередь, выступил навстречу русским. При Ирджаре произошел бой, кончившийся тем, что бухарцы были обращены в бегство. Ходжент был занят русскими.
Воспользовавшись достигнутыми преимуществами, генерал Кауфман, прибывший в Азию для организации управления Туркестаном, решил двинуться на Самарканд и захватить плодородную долину Зеравшан. Продвижение русских не встретило сопротивления. Кауфман, желавший добиться своей цели без кровопролития, послал эмиру проект договора, по которому город подлежал передаче царю…
На следующее утро явилась депутация от жителей Самарканда с сообщением об уходе бухарских войск и с просьбой к русским вступить в город и принять под свою защиту его население. Таким образом, русские 14 мая 1866 года овладели Самаркандом. Чтобы окончательно добить бухарскую армию и закончить войну, Кауфман, оставив небольшой гарнизон в цитадели, выступил с большой частью своих войск против эмира. Лишь только он покинул город, к Самарканду подошла 20-тысячная армия из Шахрисябза и осадила его…