Осенью 1922 года за «нарушение партдисциплины» и «проявления национализма» Ауэзов был исключен из партии большевиков, в которой состоял три с половиной года. Он оставил свой крупный государственный пост в Оренбурге, который был тогда столицей Киргизской Автономной ССР, и поступил вольнослушателем в Среднеазиатский Туркестанский университет в Ташкенте. В это время он сотрудничал в журнале «Шолпан».
Весной 1923 года Мухтар Ауэзов по предложению крупного этнографа, историка и фольклориста Абубакира Диваева, выпускника Оренбургского кадетского корпуса, участвовал в работе научной комиссии, направленной в Чингизскую волость Каркаралинского уезда «для сбора и приемки сохранившихся рукописей переводов работ Дрейпера, Льюиса, Спенсера» и оригинальных трудов Абая – философских заметок и стихов. Спутниками Ауэзова были бывшие известные алашордынцы Халел Досмухамедов и Магжан Жумабаев. Впоследствии это сотрудничество послужило поводом для обвинения Ауэзова в причастности к «Алаш-Орде».
В октябре 1923 года Мухтар Ауэзов поступил на филологическое отделение Ленинградского государственного университета. Там он познакомился с Валентиной Николаевной Кузьминой, его третьей супругой. Но после первого курса Ауэзов вернулся в Казахстан. Осенью 1925 года снова поехал в Ленинград, а в 1928 году окончил университет.
В 1930 году Ауэзова арестовали по обвинению в связи с организацией молодых казахских писателей «Алка» и 2,5 года он провел в заключении. Жена с дочерью вернулись в Ленинград. В 1933 году в Кзыл-Орде Ауэзов издал первое полное собрание стихов Абая «Абай Кунанбай-улы толык жинак», напечатанное латинским шрифтом, и взялся готовить первое научное собрание произведений Абая. Параллельно в Казахском музыкальном театре шли его пьесы.
В мае 1937 года состоялся первый пленум Союза писателей Казахстана. На литературном небосклоне Казахстана Ауэзов тогда был самой яркой фигурой, но и самой преследуемой. По старой памяти его труды запрещают местные органы НКВД, изымают из библиотек, самого увольняют с работы.
Он уехал в Москву, много сотрудничал с писателем Леонидом Соболевым («Капитальный ремонт», «Морская душа»). Они пишут трагедию «Абай», научное исследование «Эпос и фольклор казахского народа», выпускают сборник «Песни казахского народа».
С началом войны Ауэзов вернулся в Казахстан, работал в Институте языка, литературы и истории КазФАН СССР. В 1942 году выпустил первую книгу романа «Абай».
В 1945 году, в год столетия Абая, Ауэзов написал либретто оперы «Абай», сценарий художественного кинофильма «Песни Абая», новый вариант биографии Абая и несколько статей о нем. В Москве вышла первая книга романа «Абай», писателя наградили орденом Трудового Красного Знамени. На следующий год он получил степень доктора филологических наук, стал профессором, академиком Академии наук Казахской ССР. В 1947 году опубликована вторая книга романа «Абай» на казахском языке, в 1948 году – обе книги на русском языке. В 1949 году роман был удостоен Сталинской премии первой степени, а автор – ордена «Знак Почета».
В 1947 году вышло постановление ЦК Компартии Казахстана «О грубых политических ошибках в работе Института языка и литературы АН КазССР», писателя постоянно преследуют и не дают возможности спокойно работать. В 1952 году на казахском языке вышла в свет первая книга романа «Путь Абая», в том же году со страниц газеты «Правда» вновь звучит обвинение в недостатке гражданской бдительности у Ауэзова. Статью «Правды» от 30 января 1952 года на следующий день перепечатала «Казахстанская правда». Профессора, академика М.О. Ауэзова уволили за «буржуазно-националистические ошибки» из университета, вывели из коллектива авторов многотомной «Истории Казахской ССР». Он вновь вынужден, во избежание ареста, скрытно уехать в Москву и два года читает лекции по казахской литературе на кафедре литератур народов СССР МГУ.
В 1954 году в Москве он завершил тетралогию «Путь Абая», был включен в состав редколлегий журналов «Иностранная литература» и «Дружба народов», выступил с докладом о творчестве Абая на торжественном собрании в Колонном зале Дома Союзов Москвы и с триумфом вернулся в Алма-Ату, где был восстановлен во всех должностях.
В 1955 году он был избран депутатом Верховного Совета КазССР IV созыва, в составе литературных делегаций стал ездить за рубеж, успевая работать над «Антологией казахской поэзии» и с переводчиками дилогии «Путь Абая».
28 сентября1957 года – 60-летие М.О. Ауэзова. Он награжден орденом Ленина, ему присуждено звание «Заслуженный деятель науки КазССР».
В Дни казахской декады в Москве 1958 года в центре внимания общественности были двухтомный роман-эпопея М. Ауэзова «Путь Абая», изданный на русском языке, солидная «Антология казахской поэзии» и мемуары Бауржана Момыш-улы «За нами Москва».
В 1959 году за дилогию «Путь Абая» М. Ауэзову присуждена Ленинская премия, он избран депутатом Верховного Совета Казахской ССР V созыва.