В 1266 г. возникли некоторые церковные разногласия, угрожавшие перерасти в серьезный конфликт. Генриху, как мы уже говорили, удалось во время несовершеннолетия своего зятя «наложить лапу» на часть доходов шотландской Церкви. В то время было ясно установлено, что этот дар не может считаться прецедентом. Однако в 1266 г. сюзерен Англии Папа Римский послал кардинала де Флески для посредничества между королем и его непокорными баронами. Кардинал написал шотландским прелатам, требуя предоставить ему субсидию на расходы, по 4 мерка от каждой приходской церкви и по 6 от каждого кафедрального собора. Король решительно воспротивился этим требованиям и отказал вымогателю. Шотландское духовенство подарило Александру 2000 мерков, чтобы покрыть расходы на апелляцию к Папе. Одновременно в качестве некоего возмещения затрат де Флески они послали ему в дар 6 пенсов за каждый требуемый им мерк (кстати говоря, 1 мерк составляет 13 шиллингов и 4 пенса).
К несчастью, вскоре после этого Александр оказался в непривычном для себя положении, разойдясь со своим же клиром. Некий сэр Джон де Данмор, давний сторонник партии Коминов, поссорился с канониками Сент-Эндрюса. Они отлучили его от Церкви. В дело вмешался король. Вслед за этим епископ Гамелин, всегда бывший верным сторонником короля, отлучил от Церкви всех приспешников сэра Джона, впрочем, исключив из этого списка короля и королеву. Духовенство обратилось к папскому легату, который все еще находился в Англии, и тот приготовился ехать на север, когда сэр Джон благоразумно покорился и тем спас положение. Александр запретил легату вступать на землю Шотландии, и нам приятно добавить, что он не затаил никакого зла на епископа Гамелина за сопротивление королевской воле. Однако неприятности еще не закончились. И Папа, и легат проявляли крайнюю симпатию к Англии. Когда легат созвал Собор двух английских провинций в Лондоне в 1268 г., он потребовал присутствия шотландских прелатов. Те отклонили требование папского посланника, но, тем не менее, послали своих представителей, правда, только в качестве наблюдателей… Кроме того, они оказались непрошеными гостями, так как готовился очередной (и последний) крестовый Собор, и кардинал побудил Папу предоставить Генриху для покрытия расходов десятину от
В ноябре 1272 г. умер король Генрих III. Его сын Эдуард находился в Палестине и короновался только в августе 1274 г. На церемонию прибыли Александр III и Маргарита с большой пышностью и блеском, так как в то время шотландские короли были очень состоятельны. Похоже, Александр сомневался в своем шурине, так как до того, как принять приглашение, он постарался заручиться у него ясным и недвусмысленным подтверждением, что его прибытие не подразумевает никаких вассальных отношений. Во время этого визита королева Маргарита увидела родную страну в последний раз, так как 26 февраля 1275 года она умерла в Купаре, оставив наряду с принцессой Маргаритой, четырнадцати лет, и принцем Александром, которому исполнилось одиннадцать, маленького принца Давида, которому не было еще и двух лет. Хотя в детстве из-за нее между ее отцом и мужем иногда создавалось напряжение (хотя, скорее всего, в этом не было никакого умысла с ее стороны), повзрослев, она помогала поддерживать хорошие отношения между своим супругом и своими родными, которые ее очень любили. После ее смерти Александр III в течение девяти лет не предпринимал попыток жениться вторично, пока перед Шотландией не встал ребром вопрос о наследнике престола.