В середине 1938 года Бёрджесс узнал об открывшейся вакансии в Контрольном бюро паспортов, которое МИ-6 активно использовала в качестве прикрытия для своих офицеров. Сотрудники этого бюро наблюдали за иностранцами на территории Великобритании и решали проблемы, связанные с их паспортами. Бёрджесс решил попробовать поступить в это бюро. Футман поддержал эту идею и представил Бёрджесса «нужному человеку» из британской разведки. В ходе беседы Бёрджессу посоветовали глубоко изучить марксизм, поскольку ему предстояло стать кандидатом на внедрение в коммунистическое движение. Правда, Центр был не в восторге от того, что один из его агентов будет разрабатывать компартию Англии, и предложил свернуть операции по внедрению Бёрджесса в МИ-6.
Однако через некоторое время этот вопрос отпал сам собой, так как руководство МИ-6 приняло решение принять Бёрджесса на работу в отдел «D» этого ведомства. Этот отдел действовал под прикрытием отдела статистических исследований военного министерства. Фактически это было подразделение, которое занималось дезинформацией и проводило мероприятия по активному воздействию в выгодном для англичан направлении на наиболее важные политические события.
Первым заданием Бёрджесса в отделе «D», который возглавлял майор Лоренс Гранд, была работа, связанная с выездом евреев в Палестину.
Это объяснялось тем, что Гитлер после прихода к власти начал преследовать евреев, которых в этой стране было более четырехсот тысяч человек. Их загоняли в гетто, лишали собственности и работы. Гитлер, однако, не препятствовал эмиграции евреев в Палестину, на их историческую родину. Туда накануне Второй мировой войны выехали несколько сотен тысяч евреев, которые мечтали о создании своего национального очага на Ближнем Востоке. Англия, которой принадлежал мандат Лиги Наций на Палестину, не желала, чтобы ее подмандатная территория получила независимость, поскольку за этим непременно последуют требования о независимости других британских колоний, и всячески противилась сионистскому движению.
Бёрджесс и его коллеги пытались предпринять меры по «расколу сионистского движения и созданию оппозиции сионизму и доктору Вейцману». МИ-6 стремилась изолировать и нейтрализовать сионистского лидера, который в 1935 году добился от Гитлера обещания не препятствовать эмиграции евреев.
Затем Бёрджесса подключили к работе отдела по Германии. Информируя Центр о политике Англии и работе английской разведки в этом направлении, Бёрджесс писал: «Основная политика — работать с Германией во что бы то ни стало и в конце концов против СССР... Главное препятствие — невозможность проводить эту политику в контакте с Гитлером и существующим строем в Германии... Главная цель — не сопротивляться германской экспансии на Восток».
Практически Бёрджесс стал связным между отделом английской разведки, Форин Оффис и Министерством информации. Он получил доступ к шифрпереписке и сводкам Министерства иностранных дел и даже дал подписку о неразглашении государственной тайны. Его разведывательные возможности значительно расширились. В частности, Бёрджесс первым сообщил в Центр информацию о том, что Англия не намерена заключать пакт об обороне с Советским Союзом.
Кроме того, Бёрджесс курировал радиовещание на Германию. Антигитлеровские пропагандистские передачи МИ-6 вела с территории Люксембурга и Лихтенштейна.
После начала Второй мировой войны поток секретной разведывательной информации от Бёрджесса значительно увеличился. Он поставлял самые разнообразные сведения — от планов британской разведки физически ликвидировать Гитлера до организованной МИ-6 забастовки шведских шахтеров с целью лишить Германию поставок шведской железной руды.
До начала 1940 года Бёрджесс совмещал работу на Би-би-си с функциями консультанта руководителя отдела «D» Лоренса Гранда. В апреле 1940 года он окончательно перешел на работу в отдел. Одним из направлений его деятельности было также создание диверсионной школы в Брикендонбери-холле. Британские разведчики в шутку называли ее «школой Гая Фокса» в память англичанина, пытавшегося в 1605 году взорвать британский парламент.
Однако вскоре школа была закрыта. Бёрджесс лишился работы в МИ-6 и вернулся на Би-би-си. Он заручился поддержкой Фугмана и своего друга Энтони Бланта, работавшего в британской контрразведке, чтобы попытаться устроиться на работу в МИ-5. Это было непростой задачей. Британские контрразведчики, представлявшие собой замкнутую касту, не принимали в свой круг «людей со стороны» без предварительного испытания. Поэтому МИ-5 первоначально использовала Бёрджесса в качестве агента. Ему было дано задание завербовать швейцарского журналиста, известного своими прогерманскими взглядами. С этой задачей Гай успешно справился. Журналист стал ценным источником информации об отношениях Германии со Швейцарией не только для британских, но и для советских спецслужб.
Советская разведка использовала Бёрджесса для получения наводок и разработки сотрудников МИ-5, а также выпускников Кембриджского университета.