В 1944 году количество информации, поступавшей от Кернкросса, возросло до 794. В августе 1944 года он был переведен в 1-й отдел СИС, где занимался обработкой всей поступавшей в английскую разведку информации о Германии и ее восточных соседях. Хотя в это же время от Бланта, Филби и самого Кернкросса поступили сведения о том, что англичане прекратили дешифровку радиосообщений Абвера на Восточном фронте и занимались, главным образом, Западным фронтом, на новом месте работы Кернкросс все же имел доступ к интересным материалам. В октябре 1944 года он передал спецсообщение СИС от 28.10.44 об инструкции Гиммлера по организации нацистского сопротивления, которая была воспроизведена немецким источником англичан по памяти. А вскоре после этого передал наблюдательное дело СИС по СССР за 1939–1944 годы, включавшее переписку с ее резидентом в Москве.
В канун ноябрьских праздников — годовщины Октябрьской революции — руководство советской разведки решило отметить «многолетнюю и плодотворную» работу Кернкросса денежной премией в размере 250 ф. ст. Она была вручена ему 31 октября 1944 года со словами благодарности. Кернкросс написал по этому поводу краткую записку в Центр:
«Я очень рад, что наши друзья сочли мою работу достойной признания, и горд тем, что внес вклад в освобождение советской территории от захватчиков.
Я сожалею, что в последние 18 месяцев не удалось сделать больше. Но я надеюсь, что все обернется лучшим образом. Выражаю признательность за столь щедрую премию и постараюсь выразить свою благодарность удвоенными усилиями в работе.
В январе 1945 года Кернкроссу стало известно, что Министерство финансов просит СИС вернуть его в свое ведомство. По этому поводу он советовался со своим советским контактом, как ему поступить. Информируя, об этом Центр, резидентура считала возможным согласиться с переходом источника в Казначейство, так как в любом случае Филби, по ее мнению, в значительной степени перекрывал работу СИС. Начальник разведки Павел Михайлович Фитин начертал на послании резидентуры: «Дать согласие». Но руководство СИС посчитало иначе и задержало Кернкросса еще на несколько месяцев. За это время он успел получить сведения о готовящемся немцами контрнаступлении на Восточном фронте. На встрече 5 февраля 1945 года Кернкросс рассказал, что англичанам удалось перехватить и расшифровать телеграмму японского посла в Берлине в свой МИД о том, что в ближайшие две недели немцы готовятся нанести на Востоке сильный контрудар, который, по их мнению, должен решить судьбу войны. Он будет исходить из двух районов, один из которых — Померания. Командующим на Восточном фронте назначен Гиммлер, а начальником штаба — Гудериан.
Еще одна интересная информация касалась перехвата английской службой радиоразведки радиотелефонных разговоров на территории СССР. По сведениям Кернкросса, в отделе, начальником которого был Дандердейл, имелся человек, который обслуживал радиорелейную связь Москва — Иркутск — Якутск — Кызыл. Но в планах намечался охват прослушиванием всей территории Советского Союза.
Перед самым уходом из СИС в июне 1945 года Кернкроссу удалось получить сведения об английских агентах в Финляндии, Швеции, Дании, Испании, Португалии и Южной Америке. Центр оценил эту информацию как исключительно ценную и дал указание резидентуре поблагодарить Кернкросса и сделать ему подарок.
К работе в Министерстве финансов Кернкросс приступил 25 июня 1945 года в должности принципала отдела смет Военного министерства. В круг его вопросов входило рассмотрение документов Министерства снабжения и Отдела гражданской противовоздушной обороны МВД. Кроме того, он являлся секретарем Комитета по реализиции запасов военного времени. Неизвестно, как оценивалась поступавшая от него документальная информация, но особо отмечены некоторые сведения, полученные им по своим прежним каналам. Дандердейл из дешифровальной службы рассказал Кернкроссу, что поляки якобы «раскололи» советский авиационный шифр высокой Категории, а с его старого места работы в СИС к нему поступили данные о том, что англичанам стало известно о подготовке к испытаниям атомных бомб в СССР в районе севернее Якутска и о строительстве там новой радиостанции.
22 октября 1945 года в связи с замораживанием всей агентурной сети в Англии связь с Кернкроссом была приостановлена, как тогда полагали, на 2–3 месяца (см. подробнее о причинах этого в главе «Берджес и Блант»).