Прокурор Одесской судебной палаты А. Поллан (Дубоссары относились к Одесскому судебному округу) дал доносу немедленный ход. Преданное земле тело откопали и снова исследовали. На этот раз в качестве судебно-медицинского эксперта был приглашен христианин, специально доставленный из Тирасполя, и работал он в присутствии товарища прокурора из Одессы. Данные первой экспертизы подтвердились.
Окончательно отбросив «ритуальную» версию, судебный следователь обратил внимание на запутанные отношения в семье Рыбаченко. Оказалось, что у старого Конона был еще один внук, двадцатидвухлетний Иван Тимашук, сын его покойной дочери. Старый Конон не любил Ивана и незадолго до убийства составил завещание, по которому все нажитое им имущество должно было отойти не к старшему внуку, а к младшему.
Ухватившись за эту нить, следователь вскоре выявил наиболее вероятных убийц Миши Рыбаченко: ими оказались Иван Тимашук, его отец Михаил, да еще некий Антон Тищенко — их сообщник. Вскоре Тищенко признался в убийстве подосланному к нему сыщику. Однако слух о «ритуальном истечении крови» продолжал циркулировать в городке, и его подхватила кишиневская газета «Бессарабец», издававшаяся Павлом Александровичем Крушеваном.
Почти каждый день в газете появлялись сообщения из Дубосcap, которые противоречили друг другу, но согласно били по нервам возбужденных обывателей. То говорилось, будто следователем установлено, что на теле мальчика имеется восемнадцать ран, нанесенных каким-то желобовидным орудием, по которому стекала выпускаемая кровь; то ран оказывалось двадцать четыре; то вместо ран появлялись тонкие «наколы на жилах», а рот, нос и «все отверстия» оказывались зашитыми. Далее можно было узнать, что на запястьях рук мальчика видны следы веревок, из чего следует, будто его перед смертью распяли на кресте… И, наконец, возник молодой еврей Беккер, который громко кричал, что знает убийц, за что объявлен помешанным и упрятан в сумасшедший дом.
Получая регулярные сообщения о ходе следствия, прокурор Одесской судебной палаты А. Поллан знал, что Миша Рыбаченко был убит сильным ударом полена по голове, после чего убийца в остервенении исколол его вилами; что большая часть крови мальчика пропитала одежду и землю в том месте, где найден труп, а меньшая часть излилась во внутренние полости тела, так что ни о каком «истечении» не может быть речи; что же касается Беккера, который бегал по улицам и выкрикивал бессвязные ругательства, то отправить его в сумасшедший дом распорядился полицейский пристав, а умалишенным его признали компетентные врачи.
Все это так разительно расходилось с сообщениями «Бессарабца», что прокурор в конце концов направил конфиденциальное письмо Бессарабскому губернатору, в котором напоминал, что обсуждение неоконченных следственных дел в печати запрещено, не говоря уже о ложных измышлениях по поводу таких дел, и что поэтому необходимо «принять меры к тому, чтобы такие тенденциозные и при том совершенно ложные сведения» не распространялись. Письмо возымело действие: «Бессарабец» вынужден был напечатать опровержение. Однако уже после этого в столичном «Новом времени», перепечатывавшем все вымыслы «Бессарабца», появилась корреспонденция его собственного корреспондента из Дубосcap, в которой слухи суммировались и выдавались за достоверные сведения, добытые следствием. И затем — как отрезало. Всякое упоминание о Дубоссарском убийстве исчезло со страниц печати.
А через две недели в Кишиневе разразился еврейский погром.
Связь между этими двумя событиями была настолько очевидной, что даже через восемь лет, протестуя против новой ритуальной агитации (в связи с таинственным убийством в Киеве Андрея Ющинского), Владимир Галактионович Короленко писал:
«По поводу памятного убийства мальчика в Дубоссарах крушеванская газета в течение целых недель перед Пасхой развертывала перед населением ужасающие подробности истязания мальчика целой толпой изуверов-евреев. Все это тоже выдавалось за результаты следствия, и все это была самая гнусная и вполне сознательная ложь от начала до конца. Суд впоследствии опроверг эти выдумки… Да! Но между агитационной ложью и судебным решением легла кровавая кишиневская Пасха, полная ужасов, крови и позора».