С 1864 по 1870 год отбывал каторгу в Тобольске, Иркутске, Кадаинском руднике (Нерчинский округ) и в Александровском заводе Николай Гаврилович Чернышевский. Затем он 12 лет провел на поселении в Вилюйске и не раз переезжал через современную трассу БАМа. Другой русский революционер, Г. А. Лопатин, 15 февраля 1873 года записал в Лондоне слова Карла Маркса о Чернышевском: «Он не раз говорил мне, что из всех современных экономистов Чернышевский представляет единственного действительно оригинального мыслителя, между тем как остальные суть только простые компиляторы, что его сочинения полны оригинальности, силы и глубины мысли и что они представляют единственные из современных произведений по этой науке, действительно заслуживающие прочтения и изучения; что русские должны стыдиться того, что пи один из них не позаботился до сих пор познакомить Европу с таким замечательным мыслителем, что политическая смерть Чернышевского есть потеря для всего ученого мира не только России, но и целой Европы…»
В Иркутской губернии отбывали ссылку Л. Б. Красин, Н. Е. Федосеев, Ф. Э. Дзержинский, С. М. Киров, Ф. Н. Петров, М. В. Фрунзе, П. П. Постышев, В. В. Куйбышев и другие борцы за народное дело.
Нерчинские заводы, печально знаменитый Акатуй, Карийскую каторгу, Петровские заводы прошли несколько поколений революционеров.
Мы говорим о политических ссыльных. А сколько было других, попавших в Сибирь за разные провинности, за непослушание начальства, за оскорбление помещиков или офицеров… Александровская центральная тюрьма — Александровский централ — с 1878 года снабжала рабочей силой Иркутский, Усть-Кутский и Усольский солеваренные заводы, Николаевский железоделательный завод, Нерчинские рудники, Ленские золотые прииски…
И вот в Сибирь пришла железная дорога. Строили ее сразу в нескольких местах. Первой возникла Уссурийская ветка от Владивостока, движение по ней началось в ноябре 1897 года. О том, как строилась эта дорога, свидетельствует современный историк В. Н. Казимиров в книге «Великий сибирский путь»: «Подрядчики набирали людей в беднейших губерниях европейской России. Свозили завербованных в порты Черного моря. Медленно проходили пароходы длинный путь по морям и океанам до Владивостока. Пешком добирались вербованные до контор строительных участков, в непроходимой, необжитой тайге, мастерили на скорую руку шалаши, землянки, ставили палатки, копали колодцы, и все это без всякой оплаты, «в неурочное время». Тяжелый ручной труд, плохое питание, недостаточный отдых вызывали очень высокую смертность среди рабочих. А рельсы все же бежали вперед и вперед».
10 декабря 1892 года был утвержден план строительства Сибирской железной дороги по южному направлению. Тогда же учредили Комитет Сибирской железной дороги, наделенный большими полномочиями, касавшимися не только изыскательских, геологических, строительных, но и переселенческих, экономических вопросов. Во главе комитета стояли такие деятели, как министр финансов С. Ю. Витте, министр путей сообщения М. И. Хилков, другие высокопоставленные чиновники.
Одновременно с Уссурийской началось строительство Западно-Сибирской (Челябинск — Обь) и Средне-Сибирской железных дорог, в соответствии с вариантами строительства магистрали по направлению: Златоуст — Челябинск — Курган — Ишим или Петропавловск — Омск — Каинск — Ачинск — Красноярск — Нижнеудинск — Верхнеудинск — Сретенск. Линию Челябинск — Обь вел талантливый инженер К. Я. Михайловский в 1892–1895 годах, а участок Обь — Иркутск с веткой на Томск взял в свои руки Н. П. Меженинов. Стройка началась тут в 1894 году и закончилась летом 1898 года. К этому времени был готов и участок от Сретенска до Байкала, строительством которого руководил инженер А. Н. Пушечников.
В 1901 году инженер путей сообщения писатель Н. Г. Гарин-Михайловский, проводивший изыскания, спрямил трассу, перейдя реку Обь не у местечка Колывань, а у Новой Деревни (ныне Новосибирск), и не через Томск, а в 90 километрах южнее его.
Через Байкал была устроена паромная переправа, и, таким образом, осуществлялось железнодорожное сообщение европейской части России с Забайкальем, а со вступлением в строй в 1903 году Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД) — и с Китаем, с Тихим океаном. Два года спустя пустили в строй Кругобайкальский участок. Во всей Сибирской магистрали не хватало теперь одного лишь звена Сретенск — Хабаровск (Амурской ветки). Началась дискуссия о том, где вести Амурскую дорогу: соединять ли ее со Сретенском или соорудить второй выход к Хабаровску от Байкала. Лишь в 1908 году было принято решение соединить Сретенск с Хабаровском.