Сенат – которому также периодически доставлялись комиссией экстракты (см. Д. 2.) – оказывал еще менее влияния на ее деятельность. По указу от 15 января 1733 года комиссия должна была приступать к розыскам не иначе, как по сношению с Сенатом (Д. 2, выписка при доношении Синоду от 23 июля 1734 года), но de facto, по-видимому, в вопросах о розысках решающий голос принадлежал не ему, а Тайной канцелярии и Кабинету министров. Нам известны только два случая вмешательства Сената в дела комиссии: в первом по указу Сената было освобождено шесть привлеченных к суду, но оказавшихся невиновными (Д. 2. экстракт 2), во втором – по указу Сенатской конторы два колодника были временно освобождены под расписку (Д. 15. Л. 26).
Судопроизводство комиссии вращалось в обычных формах уголовного следствия того времени. Участие в процессе духовных членов, которым вменялось в обязанность увещевать подсудимых, чтобы показали истину (Д. 2, выписка при доношении Синоду от 23 июля 1734 года), было, по видимому, весьма незначительное и чисто формальное: единственный в сохранившихся делах случай, в котором проявилось оно, – это определение архимандрита Кирилла о снятии монашеского сана с двух преданных суду монахов (Д. 1, протокол 7 сентября 1736 года); вероятнее всего, что деятельность духовных присутствующих ограничивалась участием в составлении доношений и экстрактов, представлявшихся Синоду. Данных для характеристики деятельности светских судей сохранилось очень немного, но, насколько можно было судить по ним, она не отличалась особенною жестокостью, какая была присуща второй следственной комиссии. Розыски в процессе 1733–1739 годов были, по видимому, редки; в большинстве случаев они заменялись битием плетьми при расспросах и очных ставках, иногда повторявшихся несколько раз (в известных нам делах пытка не была употреблена). Трем «указным» розыскам и жжению огнем подверглись сравнительно немногие: насколько известно, мастер московской парусной фабрики Лаврентий Ипполитов и венёвский рассыльщик Федор Карманов (Д. 1, протокол 4 марта 1734 года), монах Савватий Струков и вкладчица Варсонофьевского монастыря Марфа Павлова (Д. 2, экстракт 12). Об условиях, в каких находились содержавшиеся по комиссии колодники, известно очень немного. Из дела № 6 [Д.14 по действующей описи –
Деятельность комиссии продолжалась более семи лет. Наибольшего развития достигла она в 1733–1734 годах. В 1733 году сектанты сыскивались целыми крупными партиями: к взятым по доносу Караулова 78 чел. с мая присоединилась партия в 62 чел., взятых по указыванью явившегося собою в комиссию крестьянина Ярославского уезда села Махалева Ивана Андреева Беспалова: вина ему была отпущена по определению Тайной канцелярии (Д. 1, протокол 28 марта 1734 года и 24 августа 1736 года). По 24 июля 1733 года было сыскано 222 чел., но 24 апреля 1734 года постановлены приговоры о 200 чел. (определения от 15 ноября и 17 декабря 1733 года, 23 января, 4 марта и 24 апреля 1734 года; см. Д. 2, экстракты за 1733–1734 годы). С начала 1735 года размеры процесса начинают сокращаться, – число осужденных за 1735–1736 годы не превышает 33 (Д. 1, протоколы 1735 и 1736 годов). В сентябре 1738 года комиссия нашла возможным ходатайствовать перед Тайной канцелярией о прекращении своей деятельности и передаче оставшихся дел и колодников в какое-либо другое учреждение (Д. 1, протокол 28 марта 1738 года), и 28 марта 1739 года следствие по некоторым нерешенным делам было передано Раскольнической конторе (Д. 1, протокол 28 марта 1739 года), которая и продолжала его в 1737–1740 годах.