Отцом Борисом и его супругой, матушкой Верой было приложено множество усилий, чтобы стало возможным восстановление Марфо—Мариинской обители. Самая первая идея восстановления Марфо—Мариинской обители принадлежала именно протоиерею Борису Гузнякову. Всё началось с патронажной службы при храме «Всех скорбящих Радость». Эта патронажная служба в те времена была одной из первых в Москве. Так появились первые сестры милосердия. Жили сестры в комнатах второго этажа домового храма Марфо—Мариинской обители, пользовались плиткой и кипятильником, обогревались тоже с помощью электричества. Отец Борис организовал гуманитарную помощь, одевал и кормил сестер, искал спонсоров и благодетелей для финансирования ремонтных работ в разрушенных помещениях обители. Все сестры, пришедшие потрудиться, были из мира, и Борис Гузняков проводил с ними беседы, воцерковлял и окормлял их, открыл воскресную школу. Также проводились уроки по медицине и уходу за больными и престарелыми.
Узнав о благотворительной деятельности, которую ведет приход Скорбященского храма, районные власти обратились к отцу Борису с просьбой помочь одиноким больным и пенсионерам, проживающим в Замоскворечье. И отец Борис, как и всегда с усердием, принялся за организацию Марфо—Мариинского благотворительного Общества. Первым пунктом в уставе Общества стояло: «Возрождение Марфо—Мариинской обители». Общество объединило усилия многих государственных и общественных учреждений в служении благородным целям. Министерство Российской Федерации по атомной энергии, Конверсбанк, Московское отделение фондамира и другие организации предоставили Обществу экономическую и организационную помощь. Председателем совета Общества был выбран отец Борис. Общество обслуживало более 400 обездоленных одиноких москвичей, которые нуждались в помощи на дому: уходе, покупке лекарств и продуктов, приготовлении пищи, кормлении, уборке жилища. И все это делалось патронажными сестрами общества и прихожанами Скорбященского храма абсолютно бескорыстно. Эта традиция бескорыстия и христиан ского милосердия сохраняется в работе Общества и по сей день.
Отец Борис Гузняков никогда не боялся ставить сложные задачи и воодушевлял прихожан собственным усердием для выполнения благородных дел с самоотдачей и терпением. Одним из таких богоугодных дел была помощь детскому дому–интернату № 7, где требовался уход за умственно отсталыми детьми. Отец Борис собрал небольшую группу добровольцев из прихожанок Скорбященской церкви. Он объяснил им, что предстоит нелёгкая работа, поскольку дети с такого рода отклонениями имеют непредсказуемый характер, трудно управляемы. Также он сразу предупредил о том, что если кто–то не справится со своими обязанностями, тому будет предложена другая, посильная работа, не предполагающая личного контакта с детьми. Отец Борис своим примером вдохновлял всех подвизавшихся прихожанок, а именно тем, что проявлял большую любовь и терпение к этим детям, общаясь с ними практически на равных. С детьми, у которых интеллект был более развитым, он старался больше разговаривать серьезно, по–взрослому, и о проблемах интерната в том числе. Таким образом, некоторых детей удалось подвести к нормальной общественной жизни и определить на работу. Детей, у которых болезнь более ярко проявляла себя и наблюдались всплески немотивированной агрессии, раздражительности и плаксивости, отец Борис успокаивал, лишь положив руку на голову ребенка. По словам одной прихожанки Скорбященской церкви, также трудившейся в интернате, никому более не удавалась утихомирить воспитанников возложением руки на голову, только отцу Борису.
Интернат № 7 был не единственным опекаемым церковью социальным заведением. В 1988 году, в год празднования 1000 летия крещения Руси (праздника, посвященного воспоминанию крещения князем Владимиром киевлян в водах Днепра), приходу церкви «Всех скорбящих Радость» поручили осуществлять помощь по уходу за инвалидами, проживавшими в пансионатах № 6 и № 20 (для ветеранов труда). Отец Борис обратился к прихожанам церкви с предложением принять участие в этой работе. 75 человек изъявили желание посещать больных.
Отец Борис вместе с прихожанами храма окормлял пациентов 1‑й Градской больницы, больных ожогового центра при институте им. Склифосовского, посещал наркологическую клинику, занимаясь теми, кто лечился от алкоголизма.