Принятый в 1818 г. второй устав предусматривал расширение дальнейших работ по созданию словарей. Предполагалось создать словопроизводный словарь русского языка, сравнительный словарь всех славянских наречий, словари технические и словесных наук, причем в их создании должны были принимать участие как русские, так и славянские ученые. Эта работа была связана с особенностью направления в изучении и описании русского языка. В первой трети XIX в. ученые все больше внимания уделяли общности славянских языков, месту и роли каждого из них в родственной семье, степени связанности со старославянским языком.
Лексикографические работы второго периода существования Академии тесно связаны с именем ее последнего президента А. С. Шишкова. Он в основном занимался разработками корневых и сравнительных словарей, продолжая тем самым традицию первого, дашковского периода Академии. Исследователи истории словарного дела обычно обходят молчанием лексикографические опыты Шишкова, или, упоминая о них вскользь, представляют их как ненаучные, дилетантские занятия. Но нельзя забывать, что лингвистические воззрения Шишкова опирались на достижения филологической науки XVIII в. Наука о языке той поры находилась под влиянием идеалистических концепций западноевропейских философов Р. Декарта, Г. Лейбница, Ф. Бекона и др. Они не обращались к истории языка, а предполагали в нем что-то абстрактное, неизменное. И в этом нет ничего удивительного — ученым тогда еще не были известны законы звуковых соответствий, законы исторического развития языка. Все это позднее открыли последователи сравнительно-исторического метода в языкознании. Шишков в своих этимологических исследованиях пытался, правда, представить историю слов. Но метод, на который при этом он опирался в своих изысканиях, не мог принести положительных результатов. На труды Шишкова значительное влияние оказали и западноевропейские грамматисты Ш. де Бросс, А. Кур де Жебелен, А.-Л. Шлецер, а также славянские ученые И. Добровский и С. Линде.
С 1815 г. на страницах «Известий Российской Академии» начинают публиковаться многочисленные теоретические статьи Шишкова по лексикографии. Среди них — «Некоторые замечания на предлагаемое вновь сочинение Российского словаря», «Опыт славянского словаря», «Опыт славянского языка, или объяснение силы и знаменования коренных и производных русских слов» и многие другие. Основная идея этих статей — составление словопроизводного словаря — была сама по себе плодотворной. Как известно, именно в таком словаре можно показать соотношение корня и образованных от него слов, выявить всевозможные словообразовательные связи в гнезде. Шишков предполагал также широкое привлечение материала из других славянских языков, что могло помочь составителю дать семантическую и словообразовательную характеристику слов в историческом аспекте. В публикации «Некоторые замечания на предлагаемое вновь сочинение Российского словаря» президент подверг критике первое издание «Словаря Академии Российской», а также составляемое Академией новое азбучное издание. Касаясь первого академического словаря, Шишков отмечал, что за прошедшие 30 лет филология шагнула вперед и поэтому лексикон необходимо переработать, сократить в нем «излишества…, погрешности исправить, а по образцу оного сочинить новый словарь» [105, кн. 1, с. 8]. Азбучный словарь тоже не устраивал Шишкова, ибо он «разрывал всякую связь между словами». При составлении нового словопроизводного словаря следовало перепроверить значения слов, чтобы «сомнительные и темные привесть в точность и ясность», лучше выбирать примеры и рассматривать корни слов с «вящими и надежнейшими способами, то есть с помощью всех славянских наречий» [там же, с. 9, 10, 16]. Следуя принципам «Плана этимологического словаря всех славянских языков» И. Добров-ского, президент предлагал заимствованные слова помещать в конце словаря, лексику же неславянского происхождения заменять эквивалентными словами из славянских языков. Такой пуризм присущ не только Шишкову. Этот опыт использовался и в трудах славянских лексикографов, в частности в «Чешско-немецком словаре» Юнгмана.
Словопроизводный словарь представлялся Шишкову как собрание корней, из которых произошли «деревья слов с ветвями». Основная задача лексикона должна была заключаться в тщательном отыскании корней и произведении от них всех производных слов, чтобы показать, «каким образом ум человеческий сперва к корню присоединяет мысль, а потом от сей мысли, сообразуясь с нею, рождает другие» [105, кн. 6, с. 154].