Этот «неохалкидонизм» был доктринальным вопросом, который решался в «самом изнурительном споре в церковной истории», причем борьбу за власть вызвало осуждение Юстинианом «трех глав» (термин, первоначально относившийся к главам книг, а затем к их авторам): это письмо Ивы Эдесского, который предлагал среднюю позицию между Кириллом и Несторием; нападки Феодорита на Кирилла; и личность и творения Феодора Мопсуестийского. Реабилитация первых двух в постановлениях Халкидона стала в политическом отношении одним из оснований для обвинения в том, что собор пошел на уступки несторианам; в богословском отношении это означало, что некоторая оправданность интерпретации халкидонской формулы в среднем ключе все еще выглядела как терпимость к несторианству. В 544 или 545 году Юстиниан анафематствовал три главы (в трактате, который утрачен), а в 551 году обнародовал пространное изложение того, что считал ортодоксальной верой. Изложение начиналось с подтверждения догмата о Троице и недвусмысленного отвержения идеи, что «Троица есть одно лицо с тремя именами [εν πρόσωπον τριώνυμον]». О Боге Логосе было сказано: Он есть «один от Святой Троицы, единосущный Богу Отцу по божеству, единосущный нам по человечеству; подверженный страданию в отношении плоти, но Тот же Самый, являющийся бесстрастным в отношении божественности». Поэтому неверно говорить, что Бог Логос совершил чудеса и что пострадал только Христос. «Бог Логос Сам отдал Свое тело ради нас». В кардинальном вопросе об одной или двух природах в воплощенном Логосе это исповедание сохраняет двусмысленность, В одном предложении о Нем говорится как о «едином Христе, составленном из двух природ [εξ εκατέρας φύσεως… συνθετον]», но уже в следующем речь идет о признании «единого Господа в каждой природе». Из этих заявлений невозможно сделать вывод ни о слиянии природ, ни об их разделении. Скорее, имелся в виду «ипостасный союз», как об этом учит Флп 2:6–7. Таким было «учение о православной вере, прежде всего св. Кирилла». Это предполагало, как исповедовал сам Кирилл, веру в «единого Господа Иисуса Христа, совершенного по божеству и Того же совершенного по человечеству, Который пострадал не по Своей божественной природе, а по Своей земной природе».
Но когда эта промежуточная позиция конкретизировала, какие богословия воплощения она хотела осудить, становилось ясно, что главной целью ее полемики является сохранение, хотя бы и через улучшение, богословия обитающего Логоса. Ибо Христос Сам в Себе есть «одна ипостась, или одна личность, и обладает совершенством божественной и нетварной природы и совершенством человеческой и тварной природы». Тем, кто ради этого единства вводил аналогию с отношением между душой и телом в человеке, досталось не более шлепка по рукам. Ибо они, следуя примеру Григория Нисского, «соединили в [божественной] милости» то, что следовало различать в мысли. Среди тех, кто находился в общении с кафолическим христианством, не было ни одного человека, который бы «дерзнул сказать, что в божественной Троице три природы, поскольку три ипостаси». Святыми исповедниками были объявлены не только участники соборов в Никее, Константинополе и Ефесе, но и «святые отцы, собравшиеся в Халкидоне». Тем не менее приложенные к этому исповеданию анафемы ясно показывали, куда оно направлено. Они осуждали всякого, кто учил о двух Христах, или отрицал Богородицу, или отрицал единство Христа в двух природах (и несмотря на них). И поэтому, «если кто защищает Феодора Мопсуестийского… который выказал такое нечестие, и если не анафематствует его и все, что ему приписывают, и тех, кто рассуждает и продолжает рассуждать подобно ему, да будет анафема». То же относилось и к поддержке Нестория Феодоритом: «Если кто защищает известные писания Феодорита и не анафематствует их, да будет анафема». Эти слова обращены не только к сторонникам тех, кто был здесь осужден, но и, прежде всего, к монофизитским критикам Халкидона; ибо в данном случае утверждалось, что верной является именно эта интерпретация его определений, а не та, которая представляется очевидной (то есть западная и, конечно же, несторианская). Ибо «кафолическая Церковь осуждает это ложное учение не против "храма" и обитающего в храме [Логоса], а против единого Господа Иисуса Христа, воплощенного Логоса Божия».