Опустив слова «и обитало с нами», можно было даже Ин 1:14 толковать совершенно в других терминах, как часть богословия обитающего Логоса. И тогда воплощение, о котором учил этот отрывок, можно интерпретировать так: «Мы понимаем Его как Господа, Который от божественной природы Бога Отца и Который ради нашего спасения облекся в человека, в котором обитал и через которого явился и стал известен человечеству». Богословие обитающего Логоса можно определить как такое истолкование соотношения божественного и человеческого в Иисусе Христе, которое стремится сохранить различие между ними через описание их союза, понятого как обитание Логоса в человеке, которого Он воспринял. Это богословие могло не только цитировать Ин 1:14, но даже говорить о «личностном союзе» божества и человечества во Христе - «личностном», ибо он не был ни союзом по усии, каковым является союз в Троице, ни союзом по природе, каковым является союз тела и души. Каждое из этих определений союза устранило бы различие между божественным и человеческим, произвело чудовище и сделало спасение через Христа невозможным. Это скорее союз третьего рода - по «личности» [πρόσωπον]», которая была «удобным нетехническим и неметафизическим выражением для описания постоянных и объективных форм или Лиц, в которых божество представлено как человеческому видению, так и божественному самосознанию». Божественное и человеческое во Христе» согласно Несторию, совпадали в их явлении и потому представляли собой нечто единое. Однако «явление» не было синонимом «иллюзии», ибо речь шла о действительном обитании божественного Логоса в человеке Иисусе и в этом смысле - о подлинном воплощении.
Доказательным текстом этого богословия воплощения служил фрагмент Ин 2:19: «Иисус сказал им в ответ: разрушьте храм сей, и Я в три дня воздвигну его». Цитируя эти слова Христа о Своем теле, Несторий спрашивает: «Разве я тогда единственный, кто называет Христа "двойственным"? Разве не называет Он Себя и храмом, который можно разрушить, и Богом, Который восстанавливает? Но если разрушен был бы Бог... Господь сказал бы: "Разрушь этого Бога, и в три дня Он будет восстановлен"». Отношение между Логосом как активным началом и человечеством как началом пассивным, выраженное в Ин 2:19, послужило, в свою очередь, ключом к тем пассажам, в которых говорится одновременно о божественной славе и человеческой подверженности страданию одного и того же богочеловеческого субъекта. Было ясно, что слова «послушный даже до смерти и смерти крестной» можно применить только к человеку, как доказывает Ин 2:19. А поэтому «храм, созданный Святым Духом, - это одно, а освящающий храм Бог - другое. Слова Христа относились к храму Его тела в третьем лице и к Логосу в первом лице; «Он назвал человека, которого воспринял, Своим храмом, в то же время показывая, что Он Сам обитал в этом храме, и через Свое обитанием Он ясно показывает нам Свою власть, когда отдает его [Свое обиталище] на разрушение смерти по Своему желанию, а потом восстанавливает его силой Своего могущества». Дополнением к свидетельству Ин 2:9 было свидетельство Кол 2:9: «Ибо в Нем [человеке, который воспринят] обитает вся полнота Божества телесно».
Этот доказательный текст дал метафору обитания, которая «становится отличительным знаком» этой христологии. В трактате о воплощении, из которого сохранились только отрывки, Феодор пытался определить, какова природа этого обитания, отличая его от других форм божественного присутствия в твари. Оно отлично от общего везде присутствия Бога, которое соответствует Его «сущности и действию», тогда как воплощение является обитанием по Его «благоволению». Однако это обитание по благоволению можно отнести и к Его присутствию в Церкви, но разница состоит в том, что последнее зависит от первого; только в Иисусе божественное «обитает всецело, сообщая Ему всю славу, которая обитающему Сыну присуща по природе». Означало ли это учение, как утверждали его критики, что, поскольку Логос «обитает в нас самих», а не только в Иисусе, Логос не стал плотью, а лишь «обитателем в человеке» или «обитателем человека»? Несторий, подобно Феодору, считал, что такое учение этого не подразумевает, но что обитание приобретает уникальный смысл, когда применяется к воплощению Логоса. Ибо, «если мы говорим об обитании в отношении Христа или о храме Божием и сошествии благодати Святого Духа [на него], мы не имеем в виду того же рода обитание, что имело место в случае пророков, и не то, что прославляется в апостолах, и даже не то, что в ангелах, укрепляемых [Духом] для служения Богу. Ибо Христос - Владыка и даже по плоти Господь всего». Именно так сторонники богословия обитающего Логоса стремились отмежеваться от предшествующих христологических ересей, таких как адопционизм, с которыми так легко было отождествить их позицию.