Однако отрицание Маркионом принципа преемственности еще радикальнее. Подлинное христианское Евангелие следует отделить не только от еврейской общины, но и от христианской общины, не только от так называемых пророков Ветхого Завета, но также и от так называемых апостолов Нового. Апостол Павел - единственный, кто передал благовестие без искажения. «Только Павел познал истину, и ему [только] чрез откровение было открыто таинство». Разделение Закона и Евангелия было темой первоначального благовестия Иисуса и Павла, но оно искажено другими апостолами и их последователями и теперь восстанавливается Маркионом. Послание к Галатам было выступлением против таких изменений; «не то благовестие», о котором говорится в Гал 1:8, и было искаженным благовестием, привнесенным Творцом и его апостолами. Поэтому учение Павла о том, что закон Моисея не относится к верующим, не получено от других апостолов, но явилось результатом прямого личного откровения. Конфликт между Петром и Павлом позволил Маркиону ввести принцип различения, с помощью которого он отделял подлинное благовестие Павла от его искаженных версий. К последним были отнесены многочисленные места из признаваемых Павловыми писаний и из Евангелий. Маркион принялся очищать послания Павла от таких элементов, как признание христианского авторитета Ветхого Завета и отождествление Творца с Отцом Господа Иисуса Христа. На место так называемых Евангелий он поставил очищенное Евангелие от Луки, которое считал единственно подлинным Евангелием, тесно связанным с Павлом. Все это делает Маркиона важной фигурой не только в истории развития вероучения, но также и в истории текста и канона Нового Завета.
История развития вероучения учитывает текстуальные исправления Маркиона лишь постольку, поскольку они выражают богословские мотивы проведенного им разделения Закона и Евангелия. Его канон также принадлежит к этой истории. Ибо предполагалось что, «если канон Маркиона был Писанием вообще, он был первым исключительно христианским Писанием», а поэтому «Маркиону прежде всего принадлежит идея Нового Завета». Представляется, что он составил это двойное Писание «Господа» (Евангелие от Луки) и «апостолов» (десять подлинных посланий Павла, а именно в следующем порядке: Галатам, 1 и 2 Коринфянам, Римлянам, 1 и 2 Фессалоникийцам, Ефссянам, Колоссянам, Филиппийцам и Филимону) в противоположность» двойному Писанию «закона» и «пророков». Это не обязательно то же, что сказать, будто христианского канона Нового Завета не было бы, если бы не было оппозиции Маркиону. Была усиливающаяся тенденция приводить в качестве авторитетных апостольские писания, и, судя по всему, это и есть начало собирания этих писаний. Но вне зависимости от подобных тенденций, представление Маркиона об антитезе между Ветхим Заветом и чистым Евангелием и его обвинение в отступничестве всех апостолов, кроме Павла, вынуждали его извлекать нежелательные места из бывших тогда в употреблении христианских писаний и организовывать их в христианское Писание, которое могло бы перевесить авторитет навязанного Церкви иудейского Писания. Даже если считать упрощением, что принятый впоследствии христианский канон Нового Завета был ответом Церкви на канон Маркиона, вполне можно утверждать, что канон Маркиона был его ответом на Ветхий Завет.
Маркион основал не школу, а церковь. Во второй половине II века маркионитская церковь была заметным соперником православного христианства, по крайней мере в некоторых областях. Иустин, писавший при жизни Маркиона, признавал, что в каждом народе немало людей, соблазнившихся его ересью. Сам по себе объем направленной против маркионитской ереси антиеретической литературы II и III веков свидетельствует о ее продолжавшемся влиянии; эта литература была достаточно обширной, чтобы служить главным источником для трактата Тертуллиана против Маркиона. В маркионитской общине писания учителя бережно хранились и его имя почиталось. Согласно Оригену, были такие люди, которые учили, что Павел сидит по правую руку от Христа на небесах, а Маркион - по левую.
Но самое значительное доктринальное развитие в маркионитском движении связано с именем Апеллеса, который, по-видимому, пересмотрел и дуализм, и докетизм своего учителя. Есть одно божественное начало, а не два бога, как учил Маркион; Апеллес заявлял это не на основе доказательств, извлеченных из пророчества или даже «знания», а просто потому, что был в этом убежден. Другой аспект системы Маркиона, который Апеллес считал обязанным пересмотреть, - взгляд учителя на тело Христа. Хотя он соглашался с Маркионом в том, что тело не было рождено, он учил, что это, тем не менее, реальное тело, но тело, состоящее из звездных элементов, а не из обычной человеческой плоти. Так он пытался отвести возражения против Маркиона, согласно которому Спаситель избавил человечество посредством обмана, когда притворился имеющим настоящее тело во время Своих страданий и смерти. Однако Апеллес остался маркионитом в своих взглядах на Ветхий Завет.