Его позиция вступила в противоречие со сложившейся литургической традицией именования Матери Иисуса, вслед за Григорием Богословом, «Теотокос», то есть
Несторий был более склонен к примирению (в частности подчеркивал, что не имеет ничего против термина «Богородица»), однако в полемике с Кириллом допустил ряд весьма сомнительных формулировок, обостривших ситуацию. На Эфесском соборе 431 года (III Вселенском) александрийская и антиохийская фракция заседали отдельно, низложив соответственно Нестория и Кирилла. Ситуация обострялась тем, что Несторий заседал с единомысленными ему антиохийцами, а папские легаты – с александрийцами, обозначив таким образом противостояние и по линии Рим – Константинополь. Император Феодосий II признал легитимность обоих решений, его же усилиями спустя два года было достигнуто примирение и подписано Согласительное исповедание. Однако это уже не могло предотвратить раскол. Оппозиционный блок объединил как крайних «несториан», чьи взгляды на разделение во Христе Божественного и человеческого начал были куда радикальнее, чем у самого Нестория, так и христиан сирийской традиции. Последние находились совершенно вне контекста спора грекоязычных церквей. Термин «Богородица», с которого все началось, был совершенно чужд их богословской парадигме. Поэтому он вызывал недоумение и отторжение (подобно тому, как сегодня настороженно воспринимается большинством протестантов), хотя они отнюдь не разделяли во Христе Божественную и человеческую личности и уж тем более не считали, что Бог с человеком соединился в Нем уже после рождения. Находясь на территории Персии, за пределами римо-византийской ойкумены и императорской власти, Сиро-персидская церковь, ныне известная как Ассирийская церковь Востока, дала прибежище гонимым несторианам, не принявшим Согласительное исповедание, и обособилась от остального христианского мира. Именно она понесет весть о Христе народам Средней Азии и Китая, продвинется далеко на Восток – в Индию и Китай.
Отпадение несториан повлекло за собой рост александрийского влияния, которое все чаще стало отождествляться с ортодоксией как таковой. Однако если антиохийская школа проявляла крен в сторону разделения во Христе Бога и человека, то александрийская – к их слиянию до поглощения человеческого Божественным. В равноправной дискуссии они уравновешивали крайности друг друга, но когда несторианство было объявлено ересью, традиция александрийская, лишенная сдерживающего фактора, дошла до собственного предела. Тезис Кирилла Александрийского «единая природа Воплощенного Слова» (от которого оппонентами был образован термин
Это открыто противоречило исконной вере церкви в то, что Христос объединил и примирил в Себе земное и небесное (Кол 1:20), став единственным посредником между Богом и человеком (1 Тим 2:5), Который «подобно нам, искушен во всем, кроме греха» (Евр 4:15), а значит, «как Сам Он претерпел, быв искушен, то может и искушаемым помочь» (2:18). Если Христос не единосущен людям, значит, Он и не боролся, и не страдал как человек. Но это превращает весь Голгофский подвиг и все Гефсиманское борение в недостойный фарс.