Правление Малика Махмуда и его преемников характеризовалось относительной независимостью. После изгнания афшаров из Систана персидские чиновники и их войска не появлялись в той провинции многие годы. По словам нашего автора, в первые четыре месяца нахождения у власти Малика Махмуда от его имени чеканились монеты и в пятничной проповеди упоминалось его имя[97]. Шах ‘Аббас, поддерживавший древние местные роды, вынужден был даровать Малику Махмуду грамоту на правление Систаном. Его правление было необычайно благотворным для Систана: были восстановлены многие разрушенные ранее крепости и города, благоустроены земли и поля. Однако со временем среди родственников и придворных малика возникла оппозиционная группировка во главе с Наср ад-Дином, дядей малика, который добивался власти над Систаном для собственного сына Малика Зарифа. По их инициативе в Систан был приглашен сефевидский принц Рустам-мирза, который вначале расправился с Маликом Наср ад-Дином и его сыновьями, а потом казнил и Малика Махмуда[98]. Это были трагические дни для Систана. После казни Малика Махмуда правителем Систана был провозглашен его сын Малик Джалал ад-Дин Махмуд (или Мухаммад)[99]. Его правление пришлось на трудное для Систана время. По прошествии восьми месяцев от начала его правления в марте—апреле 1591 г. в Систан вторглось узбекское войско под предводительством Байджу-бия и Дурман-пахлавана
С тех пор Систан в течение длительного времени систематически подвергался набегам узбеков, разорявших его, убивавших его жителей. «Ихйа ал-мулук», пожалуй, единственный источник, столь подробно повествующий об ожесточенной борьбе местного населения с узбеками. Наш автор был не только свидетелем, но и участником событий, когда представители местной власти боролись против нашествия новых завоевателей. Успех в этой борьбе попеременно сопутствовал то одной, то другой стороне, больше «противникам из Мавераннахра». Кратковременные передышки вновь сменялись военными действиями сторон. По словам нашего автора, «десять раз в году была война»[101]. Все это время малик Систана и его родственники жили в Чапрасте, «надежной и прочной твердыне», а также в других крепостях. Поддерживать сношения с Систаном Мир Кулбаба-кукелташ, правитель Герата, от имени ‘Абдаллаха II поручил Тенгри Берди-оглану, человеку переменчивого нрава, который, по словам нашего автора, «заключая мир, вынашивал новую войну, в сражениях умолял о перемирии». В общей сложности за время своего наместничества в Уке он прислал в Систан 1700 парламентеров для заключения перемирия. Победа систанцев в сражении при Банд-и Маудуд на р. Паранд, притоке Гильменда, не имела решающего значения. Она дала лишь передышку на шесть месяцев. Малик Джалал ад-Дин понимал, что без поддержки извне ему не одолеть узбеков. Его обращение за помощью в Кандахар и Индию успеха не имело, в помощи ему было отказано. Смерть ‘Абдаллах-хана II в 1006/1598 г. тоже не внесла никаких изменений в ситуацию, сложившуюся в Систане. Теперь от имени ‘Абд ал-Му’мин-хана некоторыми областями Хорасана, в том числе Систаном, управлял Дин-Мухаммад-султан. Малик Джалал ад-Дин вместе с родственниками и их семьями был вынужден покинуть Систан и уехать в Кандахар, владение чагатайцев. Лишь поход шаха ‘Аббаса I в Хорасан и взятие Мешхеда, а затем и Герата в 1007/1598 г. способствовали освобождению Систана из-под власти узбеков. Малик Джалал ад-Дин, узнав о прибытии войска шаха, едет из Кандахара в Мешхед, чтобы выразить шаху покорность. В благодарность за это шах передал малику правление Систаном, ранее предназначенное Гандж-‘Али-хану. Малик получил также почетный титул