Вернувшись к сообщникам, Рахим распорядился, чтобы все, как и он, надели «пояса смертников». Затем боевики ворвались в туристический автобус и, приставив к голове перепуганного заспанного учителя дуло автомата, потребовали от него ключи от школы. Преподаватель был настолько растерян, что не смог сразу их отыскать. Тогда потерявший терпение Рахим стал жестоко избивать учителя, а затем потащил его к школе, чтобы не тратить время на поиски спящих учеников.
Самый старший бандит, Лину, остался прикрывать входную дверь, а Рахим вместе с учителем и вторым террористом двинулся на второй и третий этажи, где спали дети. Открыв класс, боевики стали пинками поднимать учеников и, угрожая автоматами, сгонять их в одно из помещений на втором этаже. В какой-то момент один из преподавателей, набравшись смелости, громко закричал: «Дети, это террористы! Убегайте, кто может!» Школьники немедленно, словно по команде, бросились врассыпную. Многие попытались спастись, выпрыгивая из окон. Кто-то попытался оказать сопротивление, но тут же получил удар прикладом в лицо. Чтобы предотвратить бегство, террористы стали стрелять поверх голов убегающих школьников.
Захват заложников начался около 04:00 и длился не более трех минут. Спастись от террористов удалось лишь 17 человекам. В руках боевиков НДФОП оказалось 89 заложников, из них 85 школьников 15–17 лет, двое преподавателей и две сопровождающие медсестры. Террористы с самого начала обращались с заложниками крайне жестоко, чтобы подавить даже саму мысль о каком-либо сопротивлении или о попытке бегства. Убедившись, что ситуация находилась под полным контролем, Рахим заставил школьников сдвинуть все столы и стулья подальше от окон к противоположной стене, а затем всем сесть на пол. Помещение заминировали при помощи двух самодельных взрывных устройств, соединенных в одну цепь по периметру класса, общей мощностью восемь килограмм в тротиловом эквиваленте. Рахим пригрозил взорвать класс, если ученики решатся на побег или израильский спецназ попытается взять школу штурмом. Чтобы подтвердить серьезность своих намерений, Рахим расстегнул куртку и продемонстрировал на теле «пояс смертника». В классе площадью 48 м2
, переполненном испуганными детьми, достаточно было высвободить чеку одной из гранат, укрепленных на его теле, чтобы забрать с собой на тот свет несколько десятков человек.Время шло, часы уже показывали 04:30, однако вокруг было совершенно спокойно, будто ничего не происходило. Террористам даже показалось, что их прорыв в город остался никем не замеченным. Тогда Рахим вытащил из перепуганной толпы школьников 16-летнего парнишку и, вручив ему написанный на листке бумаги ультиматум к израильскому правительству, вывел его за пределы школы. Террористы требовали от правительства немедленно выпустить из израильских тюрем 23 террориста и переправить их в Сирию, в крайнем случае на Кипр. (Первые десять имен, среди которых значился японский террорист-камикадзе Кодзо Окамото, устроивший кровавую бойню в израильском международном аэропорту Лод, Рахим вписал собственной рукой, остальных должны были выбрать палестинские заключенные.) Гарантом соглашения должны были выступить послы Франции и Румынии, Френсис Юр и Йон Ковачи. Через них лидер НДФОП Найеф Хауватме должен был передать террористам условный код, что сделка состоялась, после чего Рахим обещал отпустить половину заложников. Вторая половина захваченных детей должна была стать гарантом личной безопасности самих боевиков. После получения условного кода Рахим с подельниками и оставшимися заложниками собирался сесть в автобус и через всю страну направиться в израильский международный аэропорт Лод. Затем, уже в самолете, удостоверившись, что не было никакого подвоха и всё шло по намеченному сценарию, террористы намеревались освободить вторую половину заложников и вылететь в Дамаск в сопровождении представителей Красного Креста и послов-посредников. Срок ультиматума истекал ровно в 18:00, после чего террористы грозили взорвать школу вместе со всеми заложниками.
Премьер-министр Израиля Голда Меир была оповещена о захвате заложников в 04:45. К этому времени никто в стране еще не мог представить себе масштабы разыгравшейся трагедии. Тем не менее в течение получаса на ноги были подняты все первые лица государства, высшие чины армии, полиции и спецслужб, а личный состав «Сайерет Маткаль» приведен в полную боевую готовность.
Время шло, однако Рахим не замечал никаких изменений ни в городе, ни на подступах к школе. Это явно не нравилось главарю террористов и начинало выводить его из состояния равновесия. По всей видимости, решил Рахим, отпущенный заложник, потеряв от страха голову, не передал представителям израильских властей ультиматум НДФОП. Тогда Рахим решил «пожертвовать» еще одним заложником. В 05:30 Рахим взял лист бумаги и наново написал ультиматум, после чего выпустил за пределы школы медсестру Наркис Мордехай, передав через нее требования террористов.