Шокированный отец поднял труп дочери и отнес его на первый этаж, что исказило картину событий и, скорее всего, уничтожило важные улики. Полицейское управление Боулдера допустило критическую ошибку, поставившую под угрозу все расследование.
Согласно результатам вскрытия, официальной причиной смерти Джонбенет стало удушение и черепно-мозговая травма. На теле жертвы также были найдены следы сексуального насилия и кровь, не принадлежавшая жертве.
Новость об убийстве шестилетней Джонбенет шокировала Америку. Журналисты осаждали дом Рэмси и полицейский участок, чтобы выяснить детали преступления, а местные жители старались всячески способствовать расследованию. Правда, были и те, кто обвинял Джона Беннета и Патрисию в убийстве собственной дочери. Слухи подогревал тот факт, что супруги Рэмси несколько раз меняли свои показания и неохотно сотрудничали со следствием.
Берк, которому на момент смерти Джонбенет было девять лет, был допрошен следователями как минимум трижды. Его показания не вызывали сомнений. Детский психолог указал в своем отчете, что, по-видимому, в семье Рэмси были здоровые, заботливые отношения между родителями и детьми. В 1998 году начальник полиции Боулдера Марк Бекнер выступил на телевидении с заявлением, что Берк непричастен к убийству своей сестры. В мае 1999 года окружная прокуратура подтвердила, что никогда не рассматривала мальчика в качестве подозреваемого.
Однако все члены семьи Джонбенет сдали образцы ДНК, а также прошли почерковедческую экспертизу, что доказало их непричастность к убийству девочки. В октябре 1997 года у полиции было около 1600 подозреваемых, но ни одному из них не удалось предъявить обвинение. Следователи не могли прийти к единому мнению: одни разрабатывали версию причастности родственников к убийству Джонбенет, другие пытались отыскать загадочного преступника, проникнувшего в дом Рэмси. Последние полагали, что убийца пробрался в дом через подвальное окно, разбитое задолго до этого. На окне также был найден смазанный отпечаток ботинка. Его происхождение до сих пор не установлено.
В итоге губернатору штата пришлось созвать большое жюри для вынесения решения по этому запутанному делу. В декабре 1999 года чете Рэмси предъявили обвинение в их предполагаемой роли в убийстве дочери. Однако окружной прокурор Алекс Хантер не поддержал это решение, сославшись на недостаточное количество доказательств.
Семья Рэмси вернулась в Атланту, штат Джорджия, чтобы избежать внимания СМИ, а в 2001 году супруги опубликовали мемуары «Смерть невинности».
Расследование возобновилось в 2002 году по инициативе нового окружного прокурора Мэри Лейси. В декабре 2003 года судебно-медицинские эксперты смогли извлечь достаточное количество материала из смешанного образца крови, найденного на нижнем белье Джонбенет, чтобы установить профиль ДНК. Выяснилось, что кровь принадлежала неизвестному мужчине и исключала ДНК каждого из членов семьи Рэмси. ДНК была отправлена в объединенную систему данных ДНК (CODIS) – базу данных ФБР, содержащую более 1,6 миллиона профилей, – но образец не соответствовал ни одному из них.
В июле 2008 года с семьи Рэмси были официально сняты все обвинения. Такое решение не удовлетворило многих представителей власти – в последующие годы сотрудники полицейского департамента не раз выступали с заявлениями о том, что оно было поспешным.
В деле об убийстве Джонбенет Рэмси был даже факт ложного признания. В 2006 году в Бангкоке арестовали 41-летнего учителя Джона Марка Карра, уверждавшего, что именно он убил шестилетнюю девочку.
В своих показаниях мужчина опирался лишь на общеизвестные факты, не приводя никаких деталей, которые могли бы убедить полицию в его причастности к преступлению. Кроме того, Карр заявлял, что накачал жертву наркотиками, но в крови Джонбенет не было обнаружено никаких следов психоактивных веществ. Как и следовало ожидать, ДНК Карра не совпало с ДНК, найденным на теле Джонбенет – его признание было самооговором. Мужчину отпустили.
В сентябре 2016 года мир снова вспомнил о громком убийстве: впервые о нем заговорил старший брат Джонбенет Берк. Он дал эксклюзивное интервью ведущему популярного шоу «Доктор Фил», в котором поделился собственными догадками. Берк признался, что ребенком тяжело переносил шумиху, связанную с делом. Возле их дома постоянно дежурили репортеры, публика несколько лет перемывала кости его семье. Берк постарался исчезнуть из поля зрения журналистов и стал вести уединенную жизнь.