В конце 1956 года стало ясно, что дела идут плохо не только на международной арене, но и внутри страны. В стране проявлялись оппозиционные настроения, которые были схожи с теми, что привели к волнениям в Польше и восстанию в Венгрии. 4 ноября, в день, когда советские войска вошли в Будапешт, на Президиуме ЦК обсуждался вопрос «Об очищении вузов от нездоровых элементов». При этом Фурцевой, Поспелову, Шелепину, а также министру высшего образования В.П. Елютину поручалось внести соответствующие предложения. 6 декабря 1956 года был подготовлен проект письма ЦК КПСС ко всем партийным организациям о мерах по пресечению имеющих место вылазок антисоветских и враждебных элементов. Было решено также разработать закон о борьбе с «антисоветчиками». Вскоре несколько сотен человек были арестованы по обвинению в подрывной деятельности. В закрытом письме ЦК от 19 декабря 1956 года содержался призыв покончить с враждебной шумихой и безжалостно «пресекать преступные действия».
Правда, антисоветские настроения не носили массового характера. Этому способствовало и то обстоятельство, что на протяжении 1956 года был принят ряд популярных мер, направленных на улучшение социального положения ряда категорий населения: сокращен рабочий день в предпраздничные и предвыходные дни на два часа, введена укороченная рабочая неделя для подростков от 16 до 18 лет, увеличены отпуска по беременности, был принят закон о пенсиях. Судя по воспоминаниям Кагановича, осуществление этих социальных программ потребовало непредвиденных расходов, что вызвало раздражение Хрущева. «При обмене мнениями в Президиуме, – вспоминал Каганович, – Хрущев набросился на меня за предложенные слишком большие, по его мнению, ставки пенсий. Я ожидал возражения со стороны Министерства финансов, но никак не думал, что встречу такое нападение со стороны Хрущева, который всегда демонстрировал свое «человеколюбие», или точнее, "рабочелюбие"». В конечном счете был принят компромиссный вариант.
Однако льготы различным категориям населения не сопровождались обычным в послевоенные годы снижением цен, от которого выигрывало все население страны. Сокращение расходов на снижение цен объяснялось прежде всего тем, что план на 1956 год не был выполнен. На состоявшемся в декабре пленуме ЦК КПСС была признана необходимость снизить показатели пятилетнего плана, принятого в начале 1956 года, из-за невозможности их выполнения. О финансовых трудностях свидетельствовало принятое в марте по инициативе Хрущева решение отказаться на 15—20 лет от выплат населению по государственным займам. 19 марта 1957 года на заседании Президиума ЦК Хрущев предложил, чтобы было принято обращение от рабочих крупных предприятий об отказе от выплат по займам. Так и было сделано.
В поисках способа активизировать рост производства Хрущев решил возродить существовавшие в первые десятилетия советской власти местные совнархозы, которые бы стали управлять хозяйством. Своими мыслями Хрущев поделился с председателем Госплана СССР Байбаковым в конце 1956 года. Байбаков возражал: «Нельзя ликвидировать министерства топливо-энергетические, оборонной промышленности, транспорта, сырьевые и машиностроительные. А если нужно проверить целесообразность создания совнархозов, то лучше начать с отраслей, производящих товары народного потребления и продовольствие, то есть местной и пищевой промышленности… Если мы ликвидируем министерства, то потеряем бразды правления в экономике… не будет управления отраслями, развалим хозяйство, разбалансируем экономику». Хрущев отвечал: «Вы – ведомственник, привыкли руководить через министерства, не считаясь с мнением республик и областей. А им виднее». По словам Байбакова, «Хрущев явно нервничал, он не любил, чтобы его излюбленным планам перечили, но дело шло о главном: о всем всесоюзном хозяйстве, и я продолжал объяснять, что ведомственность в этом случае сменится местничеством и неизвестно, что лучше. У Первого (так звали в ЦК Хрущева) явно не было никакого желания выслушивать мои доводы, и наш разговор закончился ничем».
Хрущев внес на рассмотрение заседания Президиума ЦК 28 января 1957 года свою записку «Об улучшении организации руководства и строительством». Хрущев предложил превратить Государственную комиссию по экономике в передаточное звено. Хотя за Госпланом оставалась разработка долгосрочных планов, реальный контроль за производством переходил к совнархозам. Байбаков вспоминал: «Хрущев… оправдывал введение совнархозов, как возврат к экономической политике, проводимой Лениным. Когда же началось обсуждение доклада, я выступил с предложением об организации Высшего Совета Народного Хозяйства (ВСНХ). Я понимал, что вопрос о совнархозах решен, возражать бесполезно и предложил создать орган, который решал бы централизованно важнейшие вопросы развития народного хозяйства, находящиеся ранее в ведении министерств. Но мои соображения так и не учли».