За свою сдержанную критику реформы Байбаков был тут же понижен в должности: с поста председателя Госплана СССР он был переведен на пост председателя Госплана РСФСР. Его место занял И.И. Кузьмин, который, по словам Д. Хафа, «был одним из довольно скромных подчиненных Хрущева в аппарате Центрального комитета… возглавляя отдел машиностроения». Байбаков был далеко не единственным, которого сняли за несогласие с Хрущевым. Шепилов вспоминал: «Помню, выступал как-то на Политбюро (Президиуме. –
Расправы Хрущева за малейшую критику его взглядов показывают абсурдность представлений о Хрущеве как о «великом демократе». Хрущев подавлял малейшую попытку выразить несогласие с его мнением. Поэтому, когда 6 апреля Президиум ЦК стал обсуждать вопрос о присвоении Н.С. Хрущеву второго звания Героя Социалистического Труда, то, несмотря на ворчливые замечания Молотова («Надо подумать. Он недавно награждался») и Кагановича («У нас нет культа личности и не надо давать повода. Поговорить с Хрущевым»), соответствующее решение было единодушно принято. В ответ за ворчание Молотова и Кагановича Хрущев решил снова использовать тему репрессий. 27 апреля на заседании Президиума ЦК были поставлены вопросы о реабилитации бывшего директора завода «Красное Сормово» Е.Э. Рубинчика, а также военачальников М.Н. Тухачевского, И.Э. Якира, И.П. Уборевича. Хрущев напомнил, что в «деле Рубинчика» «неблаговидную роль играл мой друг Георгий Маленков». Говоря же о реабилитируемых военачальниках, Хрущев заметил: «Пусть старые члены Политбюро скажут, как они решали вопрос о привлечении Якира, как готовился этот первый шаг». Каганович не нашелся, что ответить и сказал: «Так вот и решали».
10 мая 1957 года Верховный Совет СССР одобрил предложения Хрущева о реорганизации системы управления хозяйством. Байбаков констатировал: «Министерства, кроме оборонных и путей сообщения, ликвидировали. Так произошел переход от отраслевого принципа управления к территориальному. Так был нанесен стране, ее экономике первый, тяжелый удар». На своем новом посту Байбаков смог убедиться в том, что в ходе реорганизации системы управления «выявились серьезные недостатки: управление промышленностью раздробилось, нарушились хозяйственные связи между районами страны, усилились местнические настроения в республиках… В июне 1957 года А.Ф. Засядько, заведующий топливным отделом Госплана, представил в правительство записку о своей поездке в Донбасс. В записке был специальный раздел «о борьбе с местничеством», о невыполнении совнархозами обязательств по поставкам оборудования. И все это подтверждалось фактами нарушения плановой дисциплины, под видом «местных интересов». Некоторые совнархозы произвольно уменьшали выпуск своей продукции, как, например, Новосибирский совнархоз, резко снизивший производство дефицитного литейного оборудования».
Байбаков вспоминал: «В своей записке о фактах местничества и других недостатках в работе совнархозов, направленной в Совмин РСФСР, специалисты Госплана писали, что новые организации – карликовые, нередко дублируют друг друга, есть тенденция в хозяйствах к самоизоляции, что зачастую местные совнархозы сокращают выпуск продукции, которую они поставляют в другие экономические районы (говоря сегодняшним языком, шла уродливая экономическая "суверенизация")».
Самонадеянность Хрущева усиливалась с каждым днем. Он решил, что экономика СССР достаточно крепка, чтобы бросить вызов американскому доллару. Шепилов вспоминал: «На одном заседании Президиума Хрущев говорит: "Слушайте, почему это наш рубль хуже доллара? Что это такое? Надо, чтоб напечатали рубль немного большего размера". Шепилов ответил: "Да разве в этом дело?" – "Напечатать золотом – золото у нас есть? Есть!" – не унимается Хрущев. Молчание. Что скажешь? Я тогда беру слово: "Для того, чтобы решить этот вопрос – переплюнуть доллар, – нужно в два-три раза повысить производительность труда во всем народном хозяйстве!" – то, что я студентам говорил в своей лекции. Он слушал. Хмурился. Я говорю: "Прошу снять этот вопрос. Я подберу группу ученых, мы изучим мировую практику. Дайте мне месячный срок. Я взял академика Трахтенберга, собрал весь цвет. Мы сидим, как проклятые, я представил доклад, что денежное обращение наше хорошее, рубль устойчивый… Сейчас реформа не нужна". И он посчитался».