Грабеж и чудовищные расправы не только не укрепили положения захватчиков, а, наоборот, еще больше изолировали их от населения. Люди всех возрастов и профессий, спасаясь от репрессий, шли в партизанские отряды, численность которых почти удвоилась к концу 1865 года. Партизанские отряды полностью господствовали в сельских районах и держали в осаде французские гарнизоны во многих городах. Базэн с большим трудом удерживал под своим контролем жизненно важную для него дорогу на Веракрус. Этой дорогой он пришел в Мехико, и этой же дорогой он думал покинуть негостеприимную страну, хотя его молодая жена и ее родственники всякими посулами пытались удержать маршала вместе с французскими войсками, надеясь с их помощью сохранить свои привилегии, земли и капиталы.
Базэн очень любил свою молодую донью Пепиту и был бы только рад удовлетворить ее просьбу, но тогда он ослушался бы Луи Бонапарта. А его повелитель проявлял все большую нервозность в связи с возрастающим давлением со стороны Соединенных Штатов и очевидной неспособностью Максимилиана и Базэна совладать с партизанским движением. В конце 1865 года он отдал маршалу приказ подготовиться к эвакуации французских войск из Мексики и осуществить ее в течение 18 месяцев. Максимилиана же Наполеон III предупредил, что либо тот предпримет героические меры с целью наладить свои финансы и создать собственную армию, либо ему придется отречься от престола и покинуть страну вместе с маршалом Казаном.
Максимилиан вознегодовал. Он написал дерзкое письмо Наполеону III, обвиняя его в нарушении мирамарского договора, по которому Франция обязывалась «всегда» оказывать ему помощь, и потребовал «немедленно» вывести французские войска из Мексики. «Со своей стороны, — надменно писал он Луи Бонапарту, — я постараюсь договориться с моими соотечественниками (то есть мексиканцами!) на справедливой основе, как и подобает Габсбургу…»
Некоторое время спустя пыл габсбургского отпрыска несколько поостыл и он стал умолять своего парижского покровителя не бросать его на произвол судьбы, обвиняя во всех неудачах империи маршала Базэна и других командиров французского экспедиционного корпуса.
Наполеон III, однако, с тем же упорством, с которым он ранее осуществлял свой прожект покорения Мексики, настаивал теперь на возвращении своих войск из этой страны. Его настойчивость приобрела форму паники, когда в июле 1866 года пруссаки разгромили австрийцев у Садовой. «Бисмарк, — отметил по этому поводу Хуарес, — напугал и взбудоражил других волков в Европе». Рисковать войной на два фронта, вернее на двух континентах — в Европе с пруссаками, жаждавшими «проучить» Францию, и в Америке с Хуаресом, а возможно, и с Соединенными Штатами, — было безумием даже для племянника великого Наполеона Г. Поэтому Луи Бонапарт резко сократил сроки эвакуации, потребовав завершить ее к началу 1867 года.
Да и сам маршал Базэн был не прочь побыстрее покинуть Мексику. Он советовал Наполеону III не считаться в этом вопросе с Максимилианом, проявлявшим по отношению к французам злую волю и черную неблагодарность. «Чем дольше мы будем оставаться здесь, — писал Луи Бонапарту Базэн, — тем меньше будет стараться правительство Максимилиана укрепиться своими силами, полагаясь всецело на помощь вашего величества, ибо считает, что Франция обязана содержать Мексику».
В марте 1866 года Базен стал стягивать свои войска к линии Мехико — Орисаба — Веракрус. Французы оставили Монтеррей, Сальтильо, Тампико и другие города, которые были немедленно заняты республиканцами. По всей стране партизанские отряды объединялись в крупные военный соединения. На северо-востоке ими командовал генерал Эскобедо, в прошлом батрак, на северо-западе — генерал Висенте Рива Паласио, поэт, адвокат по профессии, в Мячоакане — генерал Регулес, испанский демократ на службе мексиканской республики, в Оахаке — энергичный Порфирио Диас, в Герреро — неутомимый Альварес. Республиканцы наседали на отступающих французов, отбивали обозы, уничтожали отставшие части. Среди интервентов росло дезертирство. В Монтеррее восстали бельгийцы. Они подняли красный флаг и под возгласы «Да здравствует республика!» перешли на сторону Хуареса. В республиканских частях было несколько подразделений, сформированных из французских дезертиров — противников Наполеона III, демократов и республиканцев.
Перелом в пользу республики не сказался на настроении Хуареса. «Невозмутимый» не терял присутствия духа, когда дела шли плохо, я не впадал в необузданный энтузиазм, когда дела шли хорошо. В марте 1866 года, накануне ухода французов из Мексики, Хуарес незадолго до своего дня рождения писал донье Маргарите в Соединенные Штаты: «Живу без перемен. Только одна серьезная болезнь мне угрожает, и нет от нее спасения: через восемь дней мне исполнится шестьдесят лет. Но не думай, что эта болезнь меня удручает или пугает. Годы проходят, а я продолжаю свой путь».