19 мая французская армия во главе со своим главнокомандующим вошла в разрушенный город. Улицы его были пустынны. Город сдался, но не покорился. «Мы в Пуэбле, — писал французский врач Аронсони. — В городе больше нечего было есть, и только голод заставил волка выйти из лесу… Мы, вероятно, постепенно взяли бы большую часть фортов, но никогда не заняли бы город, если только не разрушили бы его полностью бомбардировкой».
Французам победа далась дорогой ценой. По официальным данным, они потеряли 1300 человек убитыми и ранеными, в действительности же их потери превышали 4 тысячи человек. Потеря престижа была еще более чувствительной. Генерал Гонсалес Ортега и его храбрые бойцы, отражавшие в течение двух месяцев атаки французов, продемонстрировали перед всем миром решимость мексиканского народа отстаивать свою независимость. Моральная победа осталась за защитниками Пуэблы. Их героизм вызывал уважение даже противника. Генерал Форей вопреки настояниям де Салиньи сослать взятых в плен офицеров в Кайену и требованиям Альмонте расстрелять их, отдал приказ выслать пленников во Францию. «Я никогда не допущу, — заявил Форей, — чтобы к пленным, завоевавшим наше уважение, относились бы как к преступникам».
В Париже со вздохом облегчения узнали о взятии Пуэблы. Луи Бонапарт отпраздновал сомнительную победу его войск в Мексике торжественными парадами, артиллерийскими салютами, фейерверками. Казенный восторг не мог скрыть от мирового общественного мнения, какой ценой далась победа императору французов. «Взятие Пуэблы, — не без иронии писал петербургский журнал «Русское слово», — одно из самых блистательных военных действий империи, подвиг, впрочем, тем более драгоценный, чем дороже он обошелся французам… Каждую церковь должно было взять приступом; каждая отдельная куча домов превращена была в крепость, которую жители — и мужчины, и женщины, и девушки, и мальчики защищали сами, вместе с солдатами. Пришлось пушечными ядрами пробивать стены домов и сапом прокладывать подземные ходы… Надо было штыком прокладывать себе дорогу в эти жилища. Год назад генерал де Лоренсез воображал, что будет здесь встречен с восторгом и что из этих самых окон, откуда теперь раздавались ружейные выстрелы, дети будут бросать ему букеты. Он надеялся увидеть здесь улицы, покрытые цветами, и восхитительную улыбку прелестных мексиканок. Как иногда люди ошибаются!»
Впрочем, сами французы, участники штурма Пуэблы, были невысокого мнения о достигнутой ими победе: «Император, — сообщал в Париж своим родным капитан Луазильон, — начал плохо, поддерживая обанкротившуюся и отвергнутую населением партию, и самое убедительное тому доказательство — поведение народа: в Пуэбле, городе-страдальце, французская армия была встречена населением так же холодно, как и в других местах; в Веракрусе, оккупированном нашими войсками уже два года, торговцы закрыли свои лавки в знак траура, а женщины оделись в черное, когда узнали о падении Пуэблы. И еще хуже, Гонсалес Ортега и три других мексиканских генерала бежали из Орисабы. Арестованы три француза, оказавшие им помощь в побеге…»
Капитан Луазильон был не точен: из 20 пленных генералов бежало не 4, а 7, в их числе Порфирио Диас и Берриосабаль; из 303 высших офицеров бежало 193; из 1179 младших офицеров — 772. Бежала и значительная часть пленных солдат. Оставшиеся в плену генералы были высланы во Францию, откуда вскоре скрылись и разными путями вернулись на родину, где, как и остальные бывшие пленники французов, продолжали сражаться с захватчиками. Таким образом, взятие Пуэблы в конечном счете оказалось пирровой победой для французов.
Форей простоял в Пуэбле десять дней, прежде чем собрался с духом и решил продолжать наступление на Мехико, где надеялся разгромить остатки мексиканской армии и закончить свой поход.
Перед Хуаресом стоял выбор: или дать бой французам у стен столицы, или, следуя примеру Кутузова в 1812 году, покинуть ее, перебраться в более отдаленную и недосягаемую для французов местность и оттуда развернуть всенародное партизанское движение против захватчиков, которое в конце концов должно было бы подточить их силы и принести победу мексиканцам.
Вначале Хуарес склонялся к тому, чтобы дать бой французам в столице, превратив ее во вторую Пуэблу. Об этом он заявил нации в манифесте от 20 мая 1863 года. Но выяснив, что в его распоряжении только 12 тысяч плохо вооруженных солдат, в то время как у Форея их имелось вдвое больше, Хуарес решил покинуть столицу и перевести свое правительство в город Сан-Луис-Потоси, расположенный в 360 километрах на северо-западе от Мехико.