Убедившись в наличии у путейцев хорошо вооруженной профессиональной охраны, хунхузы стали избегать нападений на русских, сосредоточив внимание на китайских рабочих и населении полосы отчуждения. Атаман одной из шаек, действовавших между Нингутой и Муданьцзяном, прислал русскому железнодорожному начальству любопытное послание, в котором писал: «Мы вас никогда не трогаем, и если бывают убийства ваших солдат, то только в случае крайней необходимости, когда иначе поступить нельзя; при нападении на станцию Хайлин мы не взяли ни одной русской иголки, и вообще на восточном участке мы русским не причиним худа и не тронем вас, лишь нас не трогайте». Особой «любовью» разбойников пользовались торговые заведения, возникавшие в пристанционных поселках. Есть сведения, что во время строительства магистрали хунхузы облагали рабочих податями. Для сбора этих податей среди рабочих поселялся один из «краснобородых», при этом артель содержала такого «мытаря», беспрекословно выплачивая требуемую мзду. По мере укладки рельсового пути появились мелкие шайки, обстреливавшие станционные сооружения и будки обходчиков, похищавшие семафорные тросы, проволоку, накладки и болты с путей. Не единожды хунхузы подкладывали на рельсы различные предметы, надеясь нажиться на крушении поезда. Для предотвращения подобных покушений линию дороги приходилось постоянно охранять постами численностью до 20 человек. У каждого поста имелась наблюдательная вышка и столб, обмотанный просмоленной соломой. Дым от подожженной соломы в случае опасности служил сигналом тревоги для соседних постов. Между постовыми пунктами магистраль патрулировалась подвижными казачьими разъездами, которые нередко вступали в перестрелки с бандитами. Формально отвечая за охрану 50-верстной полосы вдоль линии (по 25 верст в каждую сторону), стража фактически контролировала до 200 верст китайской территории. Помимо дороги стража несла службу на охране сунгарийского судоходства и многочисленных предприятий акционерного общества — угольных копей, лесных заготовок и т. п. Стражникам приходилось выступать в разных амплуа: они были и солдатами, и полицейскими, и почтарями, и строителями, и матросами на судах КВЖД (в этом качестве были заняты полторы сотни стражников).
Обычно редкие нападения хунхузов на русских служащих КВЖД участились с началом 1900 г., предвещая кровавые события Боксерского восстания. Уже в январе русское начальство с удивлением отметило, что традиционные зимние «каникулы» хунхузов так и не начались. Станции южной линии подверглись нападениям банд уже 1 и 14 января 1900 г. В начале апреля произошел крупный бой стражников с шайкой «краснобородых», а 6 мая за один день на южной линии произошло уже целых три подобных инцидента. Наибольшими жертвами сопровождалось нападение разбойников на дом десятника Легасова близ станции Вафангоу. Десятник и его жена были убиты, сын Легасовых и несколько рабочих были ранены. Спустя два дня несколько десятков хунхузов напали на песчаный карьер КВЖД, персоналу которого лишь чудом удалось спастись. На восточной линии весной 1900 г. были убиты двое русских служащих КВЖД, ранен один человек, а еще трое были уведены хунхузами в неизвестном направлении. Число нападений росло со скоростью снежной лавины. К хунхузам добавились выступления китайских рабочих и местного населения.
У аборигенов Маньчжурии были основания для недовольства русскими. Строящаяся дорога давала заработок тысячам людей, однако предлагала исключительно тяжелый и низкооплачиваемый труд. Условия жизни рабочих, многие из которых были нищими выходцами из провинций «застенного» Китая, были очень тяжелыми. Именно рабочие казармы магистрали в конце 1899 г. стали прибежищем членов тайного общества Ихэтуань («Отряды справедливости и согласия»), преследовавшихся китайским правительством в провинциях Шаньдун и Чжили. По мнению ихэтуаней, во всех бедах Китая были виновны иностранцы, навязавшие Поднебесной свои бесчеловечные «варварские» порядки. Члены общества призывали бедноту к войне против «заморских дьяволов» и, для укрепления тела и духа, упражнялись в традиционном боевом искусстве ушу, прозванном иностранцами «китайским боксом». Агитаторы-«боксеры» находили благодарных слушателей не только в рабочих бараках, но и среди аборигенов Маньчжурии. Здесь недовольных русской дорогой тоже хватало: отвод земли для строительства КВЖД вынуждал крестьян покидать насиженные места.
В конфликтах с туземцами Охранная стража выступала, разумеется, на стороне железнодорожного начальства, что, мягко говоря, не способствовало ее популярности среди китайцев. Конфликты были нередки и подчас весьма серьезны. В конце 1898 г. близ Чантуфу нападению китайцев подверглась партия топографов. В августе 1899 г. в районе Телина население окрестных деревень пыталось помешать началу строительства.