Самым значительным событием в истории Мекки было возникновение в этом городе исламской религии. Потомок пророка Ибрахима и Исмаила и посланник Аллаха Мухаммад посредством Божественного Откровения сформулировал основы Ислама. После начала пророческой деятельности пророка Мухаммада общественно-политическая обстановка в городе самым радикальным образом изменилась. Многовековые арабские традиции терпели глубочайший кризис. Это привело к противостоянию мусульман со сторонниками традиционного уклада жизни, которых возглавляла мекканская аристократия. Пророк Мухаммад и его первые последователи подверглись жесточайшим гонениям. Часть из них была вынуждена эмигрировать в Эфиопию, где их поддержал негус Асхама. Спустя 13 лет, почти все мусульмане покинули Мекку и совершили переселение в Медину, в которой было образовано первое мусульманское государство. После этого началась война между мекканскими язычниками и мединскими мусульманами под руководством пророка Мухаммада, которая вначале проходила с переменным успехом, однако затем окончилась победой мусульман. В 8 году хиджры мусульманская армия без боя заняла Мекку. Пророк Мухаммад вошел в Каабу и сокрушил всех находящихся в ней языческих идолов. С этого времени все акты служения в мекканском храме, как и во времена пророка Ибрахима и Исмаила, были посвящены только единому Аллаху, Творцу вселенной.
После присоединения Мекки к мусульманскому государству она постепенно стала терять свое политическое значение. После смерти пророка Мухаммада и начала мусульманских завоеваний, она стала провинциальным городом Халифата, так как находилась вдали от основных центров государства. Зато возросло ее религиозное значение. Этот город, в котором находится храм Кааба, стал религиозным центром не только для арабов, но и для мусульман всего мира. Все молитвы мусульман совершаются в направлении этого храма (См. Кибла
).В период правления Праведных халифов и первых Омейядов Кааба и ее окрестности реставрировались, там производились инженерные
работы. Однако более основательная реконструкция храма началась в период правления омеййядского халифа аль-Валида, когда началась постройка вокруг Каабы архитектурного ансамбля Масджид аль-Харам. Для этого из всех концов Халифата в Мекку приехали лучшие архитекторы и мастера.Управление Хиджазом, где находится Мекка, в период Омейядов осуществлялось халифскими наместниками, которые обычно были представителями правящей династии. В этот период там происходили бурные политические события, и даже вооруженные столкновения. В 64/684 году в Мекке обосновался
Затем в 129/747 году Мекка была захвачена прибывшими из Йемена хариджитами. Их оттуда выбили в том же году пришедшие к власти Аббасиды, которые свергли Омейядов. После этого с 132/750 по 349/961 год управление Меккой осуществлялось наместниками из правящей династии Аббасидских халифов.
Начиная с 303/916 года, на Аравийском полуострове активизировались карматы, которые перекрыли все пути к Мекке и не допускали продвижения к городу паломников. А в 317/930 году они захватили Мекку и, забрав с собой находящийся в Каабе «черный камень» (См. Хаджар аль-Асвад
), вывезли его из города. Однако потом, спустя несколько лет, они вернули его обратно.После захвата Египта Фатимидами в 357/968 году, усилилось их влияние в Хиджазе. С этого периода город стал управляться потомками Праведного халифа Али ибн Абу Талиба по линии его сына Хасана, которые назывались шарифами. Они были почти независимыми правителями, и это нередко приводило к их конфликту с Фатимидами и их йеменскими вассалами, которые отправляли в этот регион войска.
В 922/1517 году Хиджаз был захвачен турецким султаном Салимом I Явузом и вошел в состав Османской империи. Однако мекканские шарифы продолжали править здесь на положении их вассалов. Османские султаны уделяли большое внимание обустройству города и периодически производили ремонтные и строительные работы в комплексе храма Масджид аль-Харам.
В 1218/1803 году Мекка была захвачена ваххабитами. Для восстановления контроля над Аравией турецкий султан Махмуд II, обратился к своему вассалу - правителю Египта Мухаммаду Али, который освободил Мекку в 1228/1813 году.