Война унесла жизни многих собаководов и специалистовкинологов, полностью уничтожила племенное поголовье собак на оккупированных врагом и прифронтовых территориях. Но даже в самые тяжелые военные годы отечественная кинологическая деятельность не только не прекращалась, но и получала новые формы развития.
Призванные на защиту Родины собаководы и специалистыкинологи на базе Центральной школы собаководства Красной Армии в кратчайшие сроки сумели разработать неизвестные ранее способы дрессировки и применения на фронтах наших четвероногих друзей. Миллионы солдатских жизней были сохранены благодаря успешному применению на фронтах собак-смертников, подрывавших фашистские танки, собак, обученных обнаружению мин, санитарных собак, собакдиверсантов, которые пускали под откос вражеские поезда, сбрасывая на железнодорожное полотно взрывчатку, и собак целого ряда других служб.
Правительство высоко оценило роль собак в борьбе с захватчиками и в народном хозяйстве. Начиная с 1943 г., одного из тяжелейших и голодных военных лет, в кинологических центрах страны было организовано плановое снабжение сохраненного любителями племенного поголовья собак, по нормам, которые позволили выжить не только четвероногим, но и большинству их владельцев.
Период восстановления собаководства в первые послевоенные годы был сложным, но насыщенным оптимизмом и живыми практическими делами. Ведущую роль в восстановлении охотничьего собаководства первых послевоенных лет сыграли Главное управление охотничьего хозяйства при Совете Министров РСФСР и его областные управления (инспекции). В Главном управлении был создан отдел собаководства, который вел Всесоюзную родословную книгу охотничьих собак (ВРКОС), был организатором ведения кинологической работы на местах, субсидировал проведение выставок, выводок и полевых испытаний, выделяя для этого денежные средства, которых тогда не было у организационно слабых областных обществ охотников. В 1949 г. в Москве Главохотой были организованы первые послевоенные курсы по подготовке экспертов-кинологов. В областных охотничьих инспекциях были учреждены должности кинологов, которые вели учет поголовья, а также подсобные родословные книги охотничьих собак — ПРКОС. В эти книги записывали породистых собак, получивших на выставках и выводках оценку экстерьера, соответствующую современной оценке «хорошо», но не имеющих родословных. Ведение ПРКОС позволяло накапливать сведения о происхождении собак, обогащало генофонд пород и обеспечивало племенную работу в условиях нехватки производителей и утери сведений о происхождении собак.
Кстати, такая необходимость сохраняется и в настоящее время, так как множество высокопородных собак не имеют сведений о происхождении из-за отсутствия кинологической работы на местах и бюрократических рогаток при оформлении племенной документации.
Значительный вклад в восстановление поголовья охотничьих пород в первые послевоенные годы внесли Всеармейское военноохотничье общество и Всесоюзное общество «Динамо», где имелись хорошие питомники охотничьих собак и отличные егерские кадры.
Пушно-заготовительные организации Заготживсырья и Центросоюза, впоследствии объединенные под эгидой Потребкооперации, в те годы также внесли свой вклад в кинологию. Их центральные и периферийные организации, как правило, принимали долевое участие в проведении выставок и других кинологических мероприятий. В их системе были организованы питомники лаек, гончих и борзых, словом, — собак промыслового направления. Особо следует отметить роль питомника Центральной научно-исследовательской лаборатории (ЦНИЛ), затем Всесоюзного научно-исследовательского института охоты и звероводства (ВНИИОЗ). Этот питомник внес значительный вклад в становление заводского разведения аборигенных пород лаек. Правда, не меньшую роль в этом деле сыграли и собаководы-любители многих городов. Они по своей инициативе выезжали в отдаленные промысловые районы, где еще сохранялись породистые лайки, не щадя средств, приобретали лучших собак, с тем чтобы в дальнейшем разводить их уже заводскими методами, накапливая генофонд и сведения о происхождении своих питомцев. Ведущим энтузиастам и организатором этого дела был москвич И.И. Вахрушев, автор ряда книг об охотничьих лайках, который вывел целую династию выдающихся собак, оставивших свой след в породе западносибирских лаек.