Насколько известно, киргизы не принимали никакого участия в монгольских завоеваниях и не вошли в состав государства потомков Джучи, заключавшего в себе западную часть монгольской империи. Вместе с Монголией и Китаем, страна киргиз входила в состав удела младшего сына Чингиз-хана, Тулуя, который должен был наследовать коренной "юрт" своего отца, тогда как в завоеванных на западе землях еще при жизни Чингиз-хана распоряжались его три старших сына. Тулуй умер в 1233 г.; после него верховная власть в его уделе находилась в руках его вдовы Суюрхуктани (кераитской царевны, христианки), умершей в 1252 г. Неизвестно, из какого источника заимствован явно легендарный в подробностях, но, может быть, восходящий к действительному происшествию рассказ писавшего в XVII в. хивинского хана Абулгази, по которому Суюрхуктани послала трех беков с отрядом в тысячу человек на судах в ту страну, где Ангара, после присоединения к ней многих больших рек, впадала в море (очевидно, речь идет об устье Енисея, рассматривавшегося как приток Ангары). Там был большой город Алакчин, со многими селениями, были и кочевники, у которых были лошади, отличавшиеся высоким ростом, но исключительно пегой масти (
Слово "ала", в применении к лошадям, соответствует, конечно, китайскому бо-ма. Оба слова, вместе упоминаются у китайского компилятора XIV в. Ма-дуань-лина, но о монгольском военном предприятии против этого царства Ма-дуань-лин не говорит. Если монголы, действительно, доходили до устья Енисея, то этот поход мог быть совершен только с помощью и при участии киргиз.
Киргизы упоминаются еще в рассказе Джувейни о смутах, связанных со вступлением на престол, в 1251 г., старшего сына Тулуя, Мункэ-хана; говорится об отправлении военных отрядов в разные стороны, между прочим отряда в 20.000 человек, под начальством Муги-нойона, в области Киргиз и Кем-кемджиют. Преемником Мункэ был его брат Хубилай, впервые прочно утвердивший господство монголов на всем пространстве Китая. По Юань-щи Хубилай в 1270 г. назначил наместником страны киргизов китайца Лю-хао-ли, который жил в Йи-лань-чжоу и способствовал поднятию местной культуры посредством привлечения ремесленников из Китая; таким образом, при монголах получила дальнейшее развитие та китайская промышленность в стране киргиз, о которой, как мы видели, слышал уже Чан чунь в 1223 году. О правлении Хубилая говорится еще, что он в 1293 г., т. е. за год до своей смерти, перевел часть киргиз в область На-янь, в Манджурии.
Более интереса представляли бы известия, если бы таковые были, о переселении киргиз в эпоху монгольской империи на юго-запад, по направлению к той стране, где они живут теперь, но на это нет никаких указаний. Риттер и по его примеру Радлов утверждали, что уже китаец Чань-дэ, проезжавший через Среднюю Азию в 1259 году, говорит о киргизах в горах Тянь-шань; но такого известия у Чань-дэ нет. Чань-дэ до приезда в страну кара кытаев (т. е. к берегам Чу) проезжал через область Ма-а, где зимой лошадей запрягали в сани, и по этому поводу замечает: "Рассказывают, что киргизы, вместо лошадей, употребляют для этой цели собак". Из этого видно, что Чань-дэ только слышал о киргизах, как о каком-то народе далекого севера, но сам их не видел и через их страну не проезжал.
Из европейских путешественников XIII в. о народе "кергис" упоминает Плано Карцини (1240), но, повидимому, это название относится не к киргизам, а к черкесам; о действиях против "кергисов" говорится в рассказе о действиях в южной России и на границе с мусульманскими областями. Более определенно относятся к киргизам слова другого путешественника, Рубрука (1253-4) о народе и стране "Керкис". Эта страна причисляется к странам, которые "лежат к северу и полны лесов"; в другом месте среди народов севера, где "нет ни одного города", упоминается "народ, разводящий скот, по имени керкисы"; там же названы бегающие на лыжах — "оренгаи", т. е. урянхайцы, упоминаемые у Рашид-ад-дина вместе с восточными соседями киргиз, народами Кури, Баргут и Тумет. Очевидно, до Рубрука доходили преувеличенные слухи о дикости киргиз; во всяком случае, приведенные у него известия могут быть отнесены только к енисейским киргизам; никаких указаний на то, чтобы киргизы в этот период жили и в более южных местностях, мы у него не находим.