Дуглатские беки вместе с монгольскими ханами должны были вести упорную войну с Тимуром; о вторжениях Тимура до нас дошли довольно подробные рассказы, но ни в этих рассказах, ни в рассказах о походах Улугбека и других потомков Тимура нет упоминания о киргизах. В первый раз киргизы называются в рассказе о событиях, происходивших зимой 1503-4 г. В эту зиму в городе Аксу умер монгольский хан Ахмед: ему наследовал его сын Мансур; с Мансуром находился во вражде его брат Султан-Халиль и ушел от него в Моголистан, где присоединился к киргизам, считавшимися "дикими львами" того края; они сделали его своим главой. Туда же пришел потом другой брат, Султан-Саид, перед тем живший в Джетыкенте, у восточной границы Ферганы, по дороге к перевалу Ясы. В 1508 г. братья были разбиты Мансур-ханом; Султан-Халиль бежал в Фергану, в то время уже принадлежавшую узбекам; Султан-Саид после многих приключений в том же году достиг Кабула. В 1511 г., когда узбеки на короткое время были прогнаны из Самарканда и других областей персами и пользовавшимся их поддержкой потомком Тимура, Бабуром, Султан-Саид был послан Бабуром в Фергану, откуда потом завоевал Китайский Туркестан.
О киргизах говорится, что Мансур-хан увел их в Карашар и Турфан: киргизы были признаны виновниками всех происходивших в Моголистане смут и большею частью перебиты: только немногим удалось вернуться в Моголистан. Уход самого Мансур-хана в Карашар и Турфан произошел под давлением дуглатов; принадлежавший к дуглатам мирза Абу-Бекр в то время (1480-1514) правил в Кашгаре; в последние годы его правления начальник его военных сил, Мир-Вали, вытеснил монголов и киргиз из Моголистана и Аксу; киргизам потом было позволено кочевать на южной стороне Иссык-Куля. Очевидно, это относится к тем киргизам, которым удалось спастись бегством из Карашара и Турфана от Мансур-хана.
По мнению мирзы Хайдера, киргизы принадлежали к тому же народу, как монголы, и отделились от монголов только вследствие частых восстаний против монгольских ханов; кроме того, монголы приняли ислам, киргизы оставались язычниками, что также вызывало вражду между ними. Последнее известие не совсем точно: мы увидим, что стоявший некоторое время во главе киргиз предводитель, вышедший из среды самого народа, носил имя Мухаммед; но и по всем другим известиям киргизы в то время и еще долго спустя не считались мусульманами; очевидно, они по внешности на мусульман не походили. Из этого можно заключить, что их не коснулась рука таких ревностных распространителей ислама, какими были монгольские ханы XV века, особенно умерший в 1416 г. Мухаммед-хан, заставлявший всех своих подданных носить чалму: непослушным вбивали в голову гвозди. Между тем в состав владений Мухаммед-хана входила и та местность, где впоследствии жили киргизы: ему приписывается постройка здания Таш-рабат на северном берегу озера Чатыр-куль.
Мирза Хайдер ничего не знал о прибытии киргиз и, очевидно, полагал, что в той стране, где он их знал, они жили издавна, по крайней мере со времени прибытия монголов. Несмотря на полное отсутствие сведений о киргизах и рассказе о походах Тимура, автор исследования об "этническом составе тюркских племен и народностей" Н.А. Аристов, был убежден, "что так как по Тарини Рашиди" народ этот в начале XVI века оказывается занимающим западный Тянь-Шань, видимо в качестве аборигенов, то не может быть сомнения, что и кара-киргизы (в XIV в) находились на своих нынешних местах". Аристов идет еще дальше и старается доказать, что к "кыргызскому племени" принадлежали и прежние обитатели западного Тянь-Шаня, начиная от усуней, кочевавших, по его мнению, "в III столетии до Р. X., между Танну-ола и восточным Тянь-шанем. Отсюда покоренные хуннами усуни, около половины II-го века до Р. X., были двинуты в западный Тянь-шань". "Истинное народное имя" усуней по мнению Аристова, "было всегда кыргыз".