Наследовавший своему отцу Рашид-хан (правил с 1533; по всей вероятности, до 1559 или 1560 г.) пытался восстановить господство монголов в горах к северу от Кашгара, но без прочного успеха. В 1537 или 1538 г. им был разбит казацкий хан Тугум, брат Тахира; вместе с Тугумом пало 37 казацких султанов; писавший всего через несколько лет после этого мирза Хайдер был убежден, что погиб без остатка весь казацкий народ. Рашид оставил в Моголистане своего сына Абд-ал-Лятифа; но скоро после этого монголы были разбиты Хакк-Назаром, сыном Касима, ханом казацким и киргизским сам царевич Абд-ал-Лятиф, по рассказу Махмуд-Чураса, был ранен, взят в плен и с почетом принят в ставке победителя, но скоро умер от раны. Счастье скоро снова перешло на сторону Рашид-хана; есть известия (у одного из кашгарских авторов), что Рашид-хан в союзе с Науруз-Ахмед-ханом ташкентским разбил Хакк-Назара у Артыша при чем пал сам Хакк-Назар и с ним шесть "князей со знаменем после чего казаками знамена больше не употреблялись. О последнем факте упоминает и узбекский автор описавший в XVII в. в Балхе) по словам которого, во главе казаков было другое лицо (Буйдаш-хан, брат Тахира), и битва произошла в другом месте (на Иссык-Куле); по этому рассказу победителями было захвачено девять знамен. Поход Рашид-хана на Иссык-Куль и свидание его там с Науруз-Ахмедом ташкентским относятся, по другому источнику, к 951 г. хиджры (1544-5 н. э.); в других рассказах дат нет. Махмуд-Гурас рассказывает о гибели Хакк-Назара в войне с Рашид-ханом несколько иначе. По этому рассказу, хан перед своим походом посетил вместе со своим духовным руководителем Мухаммед-Шерифом несколько святынь, в особенности гробницу первого мусульманского хана Кашгарии, Сатук-Богра-хана; после этого он пошел на казаков и киргизов. Шел три месяца и встретил врага только в Эмиле, там взял приступом укрепленный лагерь врагов, при чем были взяты в плен Хакк-Назар-хан и другие князья (тюри); все по приказанию хана были убиты (этот поступок Рашид-Хана дает повод к невыгодному для него сравнению с великодушием Хакк-Назара после поражения Абд-ал-Латифа). Рашид-хан три дня пробыл в Эмиле и привез оттуда семь знамен; после этого у казацких ханов знамен больше не было. О поражении и смерти Буйдаш-хана говорится в биографии ферганского святого Лутфуллы из Чуста (этот святой умер в 979 году хиджры, 1571-2 н. э.); по этому источнику Буйдаш погиб при нашествии на узбецкий Туркестан в 967 (1559-60) г.
Однако, ни казаки, ни киргизы не были на долгое время ослаблены этим поражением: бывший в Туркестане в 1558 г. англичанин Дженкинсон слышал, что казаки в то время снова угрожали Ташкенту, киргизы — Кашгару. Из этих слов можно заключить, что после смерти Хакк-Назара казаки и киргизы уже не составляли больше одного государства; вообще, насколько известно, эти два народа с тех пор никогда больше не объединялись под властью одного хана.
Кроме Кашгарии, набегам киргиз подвергалась Фергана. В упомянутой биографии шейха Лутфуллы говорится, что киргизы во время одного из своих набегов на аксикетский округ захватили принадлежавших дервишам баранов, но потом вернули их с извинениями и прибавили, что питают к "божьим людям" не меньше уважения, чем сами ферганские мусульмане. Подобно другим шейхам, шейх Лутфулла, заботился о распространении ислама среди степняков; его ученик, казак Мухаммед, действовал не только среди казаков, но и среди киргизов. Такие проповедники из дервишей отправлялись в степь до новейшего времени; под их влиянием кочевники становились не столько мусульманами, в смысле принятия догматов и обрядов ислама, сколько личными почитателями шейхов, в которых они видели подвижников и чудотворцев.
Несмотря на временное объединение под одной властью, киргизы и во второй половине XVI в. не признавались мусульманами даже в такой степени, как казаки. К 1582 г. относится сочинение о Средней Азии османского турка Сейфи: по его словам, казаки были мусульманами канофитского толка, тогда как киргизы не были "ни кафирами, ни мусульманами". Подобно мирзе Хайдеру, Сейфи считал киргиз родственниками монголов Киргизы жили в трудно доступной местности; в случае нападения врагов они отсылали свои семьи вглубь гор, а сами защищали проходы: камнем "яда" они вызывали такой снег и холод, что враги не могли владеть ни руками, ни ногами и терпели поражение. Трупы умерших клались в гробах на ветви высоких деревьев (это известие, вероятно, заимствовано из более ранних письменных известий о енисейских киргизах). У киргиз не было царей (ханов), а были только беки, которых называли кашка (титул, часто встречающийся у калмыков).