Кроме четырех угловых, в Новом Городе имеются две въездные башни: Казанская в середине северо-восточной стены со стороны Вологодской дороги (названная так по имени стоявшей перед монастырем, тогда еще деревянной, Казанской церкви) и Косая на середине северозападной стены (название «Косая» вызвано тем, что башня имела угловой проезд). Обе эти башни, квадратные в плане, довольно похожи по своей архитектуре. Каменного столба проездные башни не имели, а их смотрильни были деревянными. Островерхие шатры заменили в конце XVIII- начале XIX века фигурными кровлями со шпилями.
Возведение крепости Нового Города началось от угловой башни Ивановского монастыря, которая во время строительства еще продолжала стоять. В 1656 году заложили первую башню, получившую название «Вологодская». Она отличается от других восьмигранным планом, меньшей высотой и значительно более развитой архитектурной декорацией. Ее стены расчленены часто идущими горизонтальными и вертикальными тягами. В целом она очень напоминает Пятницкую башню Троице-Сергиевой лавры.
Уже следующая из башен — Казанская (1659 год) — почти лишена архитектурного убранства. Она поставлена над главным въездом в монастырь. Ее скупой, лаконичный облик характерен для всей новой кирилловской крепости. Лишь над проездной аркой с обеих сторон находились киоты в кирпичных обрамлениях, покрытые деревянными кровлями. В киотах сохранилось стенное письмо, выполненное в 1664 году кирилловским старцем Феофаном Дерголобом. Со стороны входа изображен Спаситель с предстоящими Сергием Радонежским и Кириллом Белозерским, со стороны монастыря — Знамение Божией Матери. Очень внушительны массивные створки ворот из брусьев, обитые снаружи коваными железными плитами. В одном из полотен сделана небольшая калитка. Кроме того, башня имела опускные решетки — герсы, для которых во внутренней промежуточной арке прорезана сквозная щель. Высокая кровля со шпилем, увенчанным фигурой трубящего архангела, относится к концу XVIII — началу XIX века.
В следующем, 1660 году возводят угловую Ферапонтовскую башню — в настоящее время она самая высокая постройка монастыря. В отличие от Вологодской, в ней не восемь, а шестнадцать граней. Снаружи грани ее стен слегка наклонены внутрь. Наряду с приданием башне устойчивости, это сообщает ее облику особую монументальность. Основной объем башни лишен какой-либо декорации, только ее высоко поднятая смотрильня украшена поясками, полуколонками и филенками-«ширинками» под окнами. С внешней, парадной стороны ширинки заполняли цветные изразцы очень простого рисунка — большие гладкие круги на квадратном поле. Сейчас от цветной поливы сохранились лишь отдельные фрагменты. Ферапонтовская башня послужила как бы окончательно выработанной моделью для последующих угловых башен, с той разницей, что они уже не имели такой высоты изразцовой декорации.
В 1662 году велось строительство второй въездной башни монастыря — Косой. Судя по монастырским описям, она имела такое же количество ярусов, как Ферапонтовская, и, вероятно, не уступала ей по высоте. В конце XVIII века верх ее обвалился и уже больше не восстанавливался. Объем башни сохраняли только на высоту прилегающей ограды, но при этом со стороны монастыря ее стену полностью переложили. Наружные ворота в башне были заложены.
Со стороны озера ограду замыкает стоящая на углу Белозерская башня, строительство которой началось в 1667 году. Башня выстроена по типу Ферапонтовской. От других башен ее отличает криволинейное, как бы купольное, очертание кровли над основным объемом. Оно появилось в начале XIX века. Сейчас башня заметно наклонена, хотя благодаря сужению ее объема внешние стены не выходят за пределы вертикали. При этом наклон башни и наклон столба со смотрильней не совпадают. Все это придает ей особый живописный, асимметричный силуэт, контрастирующий со строгой геометричностью очертаний остальных башен Нового Города.
Последняя из больших угловых башен, Кузнечная, замыкает стены Нового Города с противоположной стороны. Она появилась на завершающем этапе строительства крепости, в 1670-е годы, когда часть старой низкой стены Ивановского монастыря, поначалу включенная в линию новой ограды, заменили более мощной стеной. При этом сломали две старые угловые башни — Наугольную и соименную новой большой башне Кузнечную. Общая структура существующей Кузнечной башни восходит к построенным прежде угловым башням — Ферапонтовской и Белозерской. Стены ее не имеют заметного сужения кверху, смотрильня не очень высокая, что делает ее сравнительно с этими двумя несколько более грузной.