Любимой женой Хубилая была Чаби, которая страстно желала стать императрицей мощной страны, а не просто супругой племенного вождя, и всецело поддерживала усилия хана по эффективному управлению Китаем. Он разделил страну на провинции, управлявшиеся наместниками и, в свою очередь, разбитые на сто восемьдесят округов. Хубилай и его преемники опирались на помощь двух канцлеров, правой и левой руки. В подчинении канцлеров находились многочисленные управления, в том числе управление этикета, в обязанности которого входило снабжение императорских кухонь, а также присутственное управление, которое подчинялось дворцовой страже и одно из подразделений которого занималось розыском пропавших вещей, животных и людей (обычно рабов из числа военнопленных, которых у монголов было великое множество). Для управления системой образования в дополнение к академии Ханьлинь был создан ученый совет, которому впоследствии поручили надзор за приверженцами даосизма — в противовес управлению по делам Тибета и буддизма.
В практическом отношении более важной была масштабная программа по реконструкции дорог и организации почтовой связи, которая значительно расширилась со времен ее создания в ханьскую эпоху. Почтовое ведомство имело 1400 почтовых станций, расположенных на расстоянии от пятнадцати до сорока миль друг от друга, 50 тысяч лошадей, 1400 волов, 6200 мулов, 4000 повозок, 6000 лодок и 200 собак, а доставка срочных сообщений осуществлялась со скоростью до 250 миль в день. По мере роста населения столицы и увеличения числа гостей в резиденции правительства возникла проблема снабжения продовольствием, которая была разрешена удлинением Великого канала, что позволило доставлять товары и продукты из южных районов страны.
Вопреки природной жестокости Хубилая, которая проявлялась, например, в личном наблюдении за поркой провинившихся чиновников, введенная им система наказаний вдвое сократила число преступлений, каравшихся смертной казнью, и в целом была мягче китайской. Тем не менее, несмотря на относительную мягкость монгольского правления в Китае, страна находилась под властью чужеземцев. Все семьи подлежали обязательной регистрации, а ремесленные профессии были объявлены наследственными. Это положение являлось частью системы расовой классификации, согласно которой китайцы располагались на третьем месте, после монголов — тех было уже более миллиона человек — и чужестранцев, преимущественно мусульман. Первые две категории населения пользовались многочисленными привилегиями, тогда как права китайцев ущемлялись. Например, им запрещалось носить оружие, а официальным языком был объявлен монгольский. Несмотря на то что многие государственные органы сохранились в неизменном виде, сами китайцы составляли меньшинство в стремительно разраставшемся классе чиновников. Все ключевые должности отдавались некитайцам, которые выполняли функции управляющих, сборщиков налогов и посредников во взаимоотношениях с населением. Для того, чтобы раз и навсегда перекрыть доступ китайской элите к государственной службе, монголы отменили систему экзаменов.
Практически не пострадали крупные землевладельцы из южных регионов, а также торговцы, которые успешно вели дела даже несмотря на предпочтение, которое отдавалось иностранцам. Эти чужаки, преимущественно мусульмане, поддерживали тесные и взаимовыгодные связи с высшими государственными чиновниками, используя средства казны для займов и финансирования морской торговли, а также операций в Западной Азии.
Из относительно скромных достижений науки при династии Юань следует выделить успехи географии: свой знаменитый атлас выпустил самый известный ученый того времени Шу Сы-пен. Искусству по-прежнему оказывалась поддержка, но основные усилия монголы направили на развитие ремесел — огромное число ремесленников всегда сопровождало монголов в их завоевательных походах. Образованные китайцы и люди искусства, даже те, кому удавалось занять незначительные государственные должности, предпочитали не сближаться с монголами. Они организовывали частные академии и, как правило, жили в собственном замкнутом мирке. Один из таких людей, известный художник, на вопрос о том, почему он изобразил дерево без земли вокруг корней, ответил: «Потому что монголы украли землю». На самом деле китайцы, считавшиеся людьми третьего сорта, презирали своих правителей — их кухню, поведение за столом, простоту и грубость нравов при дворе. И если за простодушие, честность и благородство монголов иногда и называли «благородными дикарями», в целом к ним относились как к нецивилизованным варварам.