Монголы отличались терпимостью к разным религиям, которая была особенно заметна в первые годы правления Хубилая, лично возглавившего дискуссию между буддистами и приверженцами даосизма. Но постепенно симпатии хана склонялись в сторону буддистов. Эта тенденция усилилась после случая с сожжением даосского храма — в преступлении обвинили буддийского монаха, однако в ходе судебного разбирательства выяснилось, что это была тщательно спланированная провокация даосов. В результате двое преступников были казнены, одному отрезали уши и нос, а еще двоих отправили в ссылку. С того времени буддистам позволили безудержно богатеть — к неудовольствию китайской знати.
Китайцев раздражала и ненасытная жажда монголов к расширению территории — несмотря на все усилия изменить кочевой образ жизни при помощи смешанных браков, их глубоко засевший инстинкт к войнам и грабежу был неистребим. Вскоре после первой неудачной экспедиции в Японию Хубилай решил свести счеты с бирманским царством Паган, правитель которого за несколько лет до того казнил послов, предложивших ему признать власть великого хана. Этот царь хвастался, что командует тридцатишестимиллионной армией, что ежедневно за обедом съедает триста блюд, приправленных карри, и что у него три тысячи наложниц. Когда монголы вторглись в Паган, царь выставил против них стадо слонов, но монгольские стрелы обратили животных в бегство. Битва была проиграна бирманцами, однако страна оставалась непокоренной вплоть до 1287 года, когда монголы окончательно установили здесь свое господство.
В том же году, когда был предпринята вторая экспедиция в Японию, Хубилай отправил армию на завоевание враждебного государства, располагавшегося на юге современного Вьетнама. Жара, болезни и военные неудачи остановили монголов, но через год они вернулись, с боями дошли до Ханоя и подчинили себе весь Вьетнам.
Эти военные походы не удовлетворили страсть монголов к завоеваниям и не пополнили скудеющую казну империи, и следующей целью Хубилая стала Ява, лежавшая в 2500 милях к югу. Он отправил посла с требованием, чтобы местный правитель признал власть великого хана, но тот, встревоженный угрозой торговле пряностями в юго-восточной Азии, приказал выжечь на лице посла клеймо. Тогда Хубилай направил против обидчика громадный флот. В 1293 году монголы высадились на острове Ява и повели успешное наступление, но затем большая часть войск попала в западню, и остатки монгольской армии бежали в Китай.
Это поражение усилило депрессию Хубилая, которая поразила хана после смерти сначала его любимой жены Чаби, а потом их сына, официального наследника престола. Не способствовали хорошему настроению и мятежи в подконтрольных землях — за восстанием в Тибете, которое удалось подавить с большим трудом, последовал бунт в Маньчжурии, куда хан лично повел войска и где руководил сражениями из паланкина, который несли на себе четыре слона. Это был его последний поход. Он все чаще находил утешение в еде и спиртных напитках, превратившись в тучного, измученного подагрой старика. В феврале 1294 года Хубилай умер в своем дворце; ему было семьдесят девять лет.
Потомки Хубилая, однако, не унаследовали его талантов. Наследником престола стал внук Тимур (император Чэн-цзун, 1294–1307 гг.), который был известен своим пристрастием к алкоголю, что противоречило полученному им конфуцианскому воспитанию. При нем до невиданных масштабов разрослись взяточничество и коррупция. Внутри империи царил мир, но другие каганаты признали главенство династии Юань над всеми монголами лишь после многолетнего конфликта. Военные кампании, коррумпированное чиновничество и богатые подарки монгольским ханам тяжелым бременем легли на истощенные финансы страны: резервы были исчерпаны, а стоимость бумажных денег упала, что стало причиной инфляции.
После смерти Тимура на престол взошел его племянник Хайсан (император У-цзун, 1307–1311 гг.) — после ожесточенной борьбы между двумя монгольскими ханами. Он опирался на привезенных из Монголии слуг; армия чиновников при нем выросла еще больше; он щедро раздавал титулы и звания и даже жаловал ремесленникам княжества. По мере углубления финансового кризиса повышались налоги (лицензии на добычу соли, например, подорожали на тридцать пять процентов) и увеличился выпуск бумажных денег, что подстегнуло инфляцию.