Сын Карла Фаберже Агафон, оставшийся после Октябрьской революции в России, был немедленно арестован, его трижды водили на расстрел, но каждый раз в последний момент оставляли в живых. В результате затравленный и измученный Агафон выдал семейную тайну: часть уникальных драгоценностей была найдена на даче Фаберже во встроенном сейфе, другая часть – в бывшей квартире Карла Фаберже на Большой Морской улице в Петербурге. По словам искусствоведов, это была лишь малая толика состояния известного ювелира.
Значительные ценности хранились в бронированных подвалах московского магазина Фаберже, что находился на Кузнецком Мосту, в доме 4. Большевики наложили арест на находящееся в магазине имущество и в мае 1919 года начали вывозить бесценное добро. Согласно описи, из двух несгораемых сейфов изъяли 240 килограммов серебра и 2400 предметов: золотую и серебряную посуду, подсвечники, шкатулки, скульптуры, ювелирные украшения, а также вещи, которые клиенты Фаберже и сотрудники московского отделения сдали на хранение.
Доходный дом Московского Купеческого общества, где с 1890-х гг. была главная штаб-квартира фирмы К. Фаберже в Москве. Здесь же располагались его фирменный магазин, контора для принятия заказов и большие сейфы
После Февральской революции, когда начались налеты и грабежи, постоянные клиенты, зная безупречную честность Фаберже, стали приносить в его фирму свои драгоценности – для надежной сохранности. В Петрограде у Фаберже был один из лучших в России сейфов – «блиндированная» бронированная комната-лифт; на ночь ее поднимали до уровня второго этажа и держали под током. Поговаривали, что свои личные драгоценности хранили у Фаберже даже члены царской семьи. В результате в петроградском доме придворного ювелира на Большой Морской, 24 (где размещались магазин, мастерские и квартиры Карла и Евгения) скопилось ценностей на 7,5 млн рублей.
После того как Совнарком принял декрет о защите собственности иностранцев, Карл Фаберже сдал свой дом в аренду швейцарской миссии, потребовав вместо платы за аренду хранить чемоданы и саквояж с драгоценностями и документами. В конце октября стало известно, что на миссию готовится налет. Чемоданы и саквояж были переправлены в норвежское посольство, на которое через день было совершено дерзкое нападение: весь архив и бесценные сокровища фирмы бесследно исчезли. По словам правнучки Карла Густавовича Татьяны Федоровны Фаберже, стоимость вещей в саквояже составляла 1 603 614 золотых рублей. Опись похищенного составляла 20 страниц.
В хищении драгоценностей заподозрили большевиков, а также революционных матросов, анархистов и просто питерских бандитов. До сих пор точные данные по исчезновению загадочного саквояжа неизвестны. Есть даже версия, что Карл Фаберже пустил чекистов по ложному следу, сделав вид, что драгоценности спрятаны в чемоданах и саквояже, а на самом деле доверил их надежным людям на хранение, чтобы спрятали ценности в надежном месте.
Уезжая навсегда из России, Карл Густавович поручил своим оставшимся в России сыновьям Евгению и Александру завершить дела фирмы. Они должны были продать наиболее крупные вещи и обратить рубли в валюту, а также спасти самые уникальные драгоценности. Набив коробки из-под монпансье, чая и шоколада драгоценностями, сыновья вместе с наиболее преданными друзьями спрятали большую часть сокровищ в многочисленных тайниках у себя, родных и друзей.
В 1927 году Евгений Карлович составил список «Где запрятаны наши вещи в России», в котором секретными кодами были указаны имена хранителей, местонахождение ценностей, их наименование и количество. Например: «Cabin libra, плат. М. К.» означало, что в тайнике библиотеки находятся украшения (платина с бриллиантами), принадлежащие балерине Матильде Кшесинской. «Cab. – цветы, фигуры – 35, 36, 37, 38». Речь идет о втором тайнике в библиотеке, где были спрятаны цветы и фигурки, выполненные из драгоценных и полудрагоценных камней. Цифры – это номера пакетов, всего их было около восьмидесяти.
Позже Евгений Карлович попытался получить припрятанные ценности. Какие-то из этих ценностей удалось потом вернуть семье, но многие из них пропали: они были конфискованы большевиками, увезены за границу или просто украдены. Так, сокровища семьи только в Петрограде были размещены в тридцати местах; в списке вычеркнуто шестнадцать из них – против каждого стоят пометки «украли», «пропало», «нашло ЧК».
Только чудом директору московского отделения Дома Фаберже Маркетти удалось продать небольшую часть из них за валюту, которую он позже, пронеся через фронты и границы, вручил знаменитому Мастеру. След остальных драгоценностей был утерян.