Флотилия, которая пришла из Александрии, возглавлялась молодым Помпеем, однако верховным главнокомандующим над всем флотом в Адриатическом море Рим назначил Марка Бибула. Сенат знал, что в войне Бибул будет поддерживать Помпея, так как его отношения с Цезарем были, мягко говоря, враждебными. Собранный флот составил более 500 кораблей.
Тем временем Рим провозгласил Цезаря диктатором. С отборным отрядом кавалерии и пятью легионами он направился на юго-восток Италии, в Брундизий, а оттуда отплыл в Грецию. Переправить на Балканский полуостров сразу всю армию Цезарь не мог из-за отсутствия транспортных судов. С имеющимися силами он не решался перейти в наступление против Помпея, собравшего к этому времени значительную армию. Увидев, что оставшиеся в Италии войска медлят, так как в Адриатике господствовал флот Помпея, Цезарь решил отправиться к морю сам и ускорить переправу. Тайно ото всех был снаряжен небольшой быстроходный корабль, на который поднялся человек в одежде раба с закрытым лицом. Экипаж корабля не догадывался, кто этот молчаливый путник. Однако в этот день на море разыгралась буря, и Цезарь вынужден был вернуться.
Оставшейся в Италии армией руководил Марк Антоний, который особенно выделился во время Галльской войны и пользовался особым расположением Цезаря. Антоний переправил армию в Грецию и соединился с Цезарем. Вскоре после этого в Северной Греции при Фарсале произошло решающее сражение. Новобранцы Помпея не устояли против закаленных в боях с галлами ветеранов Цезаря. Остатки армии Помпея капитулировали.
Летом 48-го года египетский флот вернулся из Адриатического моря в Александрию. Командиры объясняли это тем, что пропала нужда в их услугах. Однако истинная причина была более прозаическая. Как только Бибулу пришло известие о поражении Помпея под Фарсалом, смелые солдаты Габиния предпочли вернуться в свои дома. Они вернулись в Александрию практически без потерь, не совершив внушительных подвигов, но и не пострадав. Это было важнее всего для них и для их семей.
Солдаты в прекрасном расположении духа сошли в порту на берег и услышали чрезвычайную новость: Египет в состоянии гражданской войны!
Гражданская война
Война разгорелась по инициативе царственной четы. Птолемею XIII удалось отстранить Клеопатру от царства и изгнать ее из столицы. Основу оппозиции Клеопатры составляли габинианцы, часть которых так и не смогла простить высылки в Рим их товарищей, обвиненных в смерти сыновей Бибула. Нашлись и более влиятельные враги среди греко-египетской знати в Александрии. Причины для вражды были довольно убедительными: Клеопатра, продолжая политику отца, противоречила своим правлением римской знати. В отличие от своего малолетнего брата она была уже совершеннолетней и имела право на собственное волеизъявление. Птолемей был только орудием в руках регентского совета. При нем они могли делать со страной все, что угодно. Царица мешала действиям регентов, она могла править совершенно самостоятельно. Несмотря на то что ей не занимать было ума, решительности, воли, в какой-то момент ей стало казаться, что весь мир ополчился против нее.
Царица решила отступить, чтобы потом, чуть позже, одержать, может быть, окончательную победу над ненавистным мужем-врагом. И этот день настал.
В Александрию просочились слухи из Палестины о том, что собранное там Клеопатрой войско направляется в Египет.
Помпей после поражения бежал и теперь собирался исполнять обязанности официального опекуна Птолемея XIII. Хитрый политик нуждался в новой базе для продолжения военных действий и обратил внимание на Египет, который хоть и был формально независимым, но оставался союзником Рима. Его привлекали и богатства Египта, и остатки войска Габиния. Ведь и сам Габиний был сторонником Помпея. Кроме этого Помпей надеялся, что в благодарность за предоставленную некогда отцу помощь Птолемей XIII окажет ему гостеприимство. Помпея тяготили воспоминания о последнем бое, где он не только потерпел унизительное поражение, но и проявил себя как командир-предатель. Когда Помпей понял, что его армия не может сдерживать напор пехоты Цезаря, он, отчаявшись, бросил командование и направился к лагерю. Оставленные без командира, предоставленные сами себе, воины начали беспорядочное отступление, превратившееся в паническое бегство. На поле битвы осталось более шести тысяч воинов Помпея. Говорят, что армия Цезаря потеряла только 200 человек убитыми.
Теперь Птолемей XIII решал, принять Помпея или ответить ему решительным отказом. После изгнания Клеопатры он пытался упрочить свое положение и неумело, неуклюже принимал решения, которые корректировал потом его опекунский совет.
На совете, собранном в связи с просьбой Помпея, мнения приближенных царя разделились: одни предлагали принять беглецов, другие – отослать назад.
Доводы обеих сторон были справедливы и разумны. Ведь гражданская война римлян – это внутреннее дело Рима. Египет держал и будет продолжать держать нейтралитет.