Инкубационный период при первичном инфицировании ВКЭ составляет 8–23 дня (чаще 10–12 дней). Изредка наблюдаются продромы: слабость, недомогание, головная боль, тошнота, нарушения сна. Отмечаются скоропреходящая слабость в конечностях, мышцах шеи, онемение кожи лица и шеи. Клинические проявления КЭ многообразны, течение вариабельно. Болезнь часто начинается остро, с озноба и повышения температуры тела до 38–40°С. Лихорадка длится от 2 до 10 дней. Появляются общее недомогание, резкая головная боль, тошнота и рвота, разбитость, утомляемость, нарушения сна. В остром периоде отмечаются гиперемия кожи лица, шеи и груди, слизистой оболочки ротоглотки, инъекция склер и конъюнктив. Беспокоят боли во всем теле и конечностях. Характерны мышечные боли, особенно значительные в группах мышц, в которых в дальнейшем обычно возникают парезы и параличи. Иногда им предшествуют онемение, парестезии и другие неприятные ощущения. С момента начала болезни может возникать помрачнение сознания, оглушенность, усиление которых может достигать степени комы. Обычно характерна разной степени оглушенность (сопор). Тем не менее, болезнь часто протекает в легких, стертых формах с коротким лихорадочным периодом.
В типичных случаях острый период КЭ продолжается 6–8 дней, но иногда – от 3 до 14 дней. Нередко в месте присасывания клещей появляются разного размера эритемы. Однако так называемая мигрирующая кольцевая эритема часто является клиническим маркером другой инфекции – клещевого боррелиоза (болезни Лайма), также переносимой клещами. У больных КЭ отмечается снижение секреторной функции желудка, антитоксической, поглотительноэкскреторной, углеводной, белокобразующей функций печени. Наблюдается лихорадочная альбуминурия. В периферической крови отмечается умеренный лейкоцитоз и увеличенная СОЭ.
С первых дней течение острого КЭ носит токсико–инфекционный характер. Несмотря на многообразие проявлений острого периода клещевого энцефалита, в каждом отдельном случае можно выделить ведущий синдром болезни. Исходя из этого, а также учитывая выраженность и стойкость неврологических симптомов, выделяют следующие основные клинические формы болезни: общеинфекционную (лихорадочную), менингеальную, менингоэнцефалитическую и, редко, менингоэнцефалополиомиелитическую, полирадикулоневритическую.
Таким образом, при тяжелой менингоэнцефалитической форме болезни ведущие очаговые симптомы поражения ЦНС выявляются на фоне общемозговых и токсико–инфекционных проявлений. После острого клещевого менингоэнцефалита период выздоровления длительный, до 2 лет. Развившиеся атрофические параличи мышц восстанавливаются частично.