Непосредственно над могилой за алтарем храма в Спасском-Котове князь Борис Николаевич приказал возвести особую усыпальницу. Внук и полный тезка князя Николая Борисовича дополнил ансамбль Спасского храма приделом, посвященным также святителю Николаю.
Где же захотел найти последний свой приют Николай Борисович и что ныне представляет собой его захоронение? Долгое время официально считалось, что могилы князя Юсупова и его родственников отправлены на дно Клязьменского водохранилища при большевиках «по классовым соображениям», но это оказалось не так. При реставрационных работах в храме села Спасского-Котово под временным настилом обнаружились пять каменных надгробий князей Юсуповых.
От Москвы до Спасского (так прежде принято было называть Спасское-Котово) считалось 18 верст. Крепостные крестьяне князя Юсупова по любви своей к барину просили разрешение наследника нести прах Николая Борисовича весь путь от Бутырской заставы на руках, что и было исполнено.
Сохранилось короткое упоминание о порядке погребения в воспоминаниях неизвестного подчиненного Юсупова по Оружейной палате, которые мною уже цитировались. «В 1831 году июля 15-го после непродолжительной болезни умер Юсупов и похоронен с приличною церемониею в своем селе Котове-Спасском, в двадцати верстах от Москвы, куда все бывшие при отпевании за гробом его поехали. Когда же князь был зарыт в могилу, то сын его Борис Николаевич приглашал сопровождавших покойного на обед так:
Сам Николай Борисович заботился о семейном некрополе в Спасском, где лежали его мать и сестра. Для их захоронений приблизительно в 1810 году в специальном приделе храма был сооружен склеп. Вплоть до 1917 года существовала традиция погребения родовитых или просто богатых людей не в земле, а в специально устроенном кирпичном склепе. Он мог располагаться как непосредственно под могильным памятником на кладбище, на традиционной двухметровой глубине, так и в подклете (подвальной части) часовни или церкви. Так, в московском Богоявленском монастыре могилы князей Юсуповых находились в склепах в подвальной части монастырского собора. А вот кирпичный склеп для гроба с телом Н. В. Гоголя на кладбище московского Данилова монастыря сооружался уже позднее, после погребения писателя. Склеп обнаружила комиссия во главе с известным московским музейным работником М. Ю. Барановской при перенесении праха писателя на новое кладбище Новодевичьего монастыря. И в наши дни Русская Православная церковь придерживается традиции погребения высшего духовенства именно в склепы, которые сооружаются, как правило, непосредственно перед похоронами, а не заранее. (Цемент твердеет быстрее извести, применявшейся в XIX веке в качестве связующего раствора.)
Первоначально захоронение Николая Борисовича было произведено в могилу за алтарной частью церкви, в наиболее почетном месте церковного погоста, а уже потом над ним соорудили квадратную часовню-усыпальницу и, надо полагать, склеп для сохранения праха. Между прочим, это едва ли не единственный случай в церковной архитектуре, когда придел храма оказался непосредственно за его алтарем, с восточной стороны. Исключением является главный храм Новоиерусалимского монастыря, который и сам является исключением в русской архитектуре, тогда как Спасский храм строго соответствовал канонам православного зодчества.
Возле Спасского храма, с внешней его стороны в 1816 году Николай Борисович Юсупов приказал похоронить рано умершую балерину Е. П. Колосову, дорогую ему женщину, от которой у князя имелось двое внебрачных сыновей Сергей и Павел, носивших фамилию Колосовы-Гирейские. Их портрет, хранящийся в музее «Архангельское», писал Никола де Куртейль. На заднем плане картины явно не без умысла помещено изображение усадьбы в Спасском-Котове.
В Спасском храме нашли последнее упокоение: княгиня Ирина Михайловна Юсупова, ее сын — князь Николай Борисович, его рано умершая сестра Анна Борисовна, по мужу Протасова, князь Борис Николаевич Юсупов (сын Николая Борисовича) и его первая, рано умершая жена Прасковья Павловна, рожденная княжна Щербатова. Вторая жена князя Бориса Николаевича, пережившая его едва не на полвека, в компанию к мужу лечь не решилась. Вероятно, грехов побоялась…
История села Спасского проливает некоторый свет и на историю Юсуповского некрополя. В 1684 году в селе Котово, «Спасское тож», принадлежавшем тогда князю И. Б Репнину, была возведена небольшая каменная Спасская церковь — скромный образец провинциального усадебного зодчества, став заменой деревянному храму. С 1720-х годов Спасское-Котово или просто Спасское перешло в род Юсуповых, вероятно, в качестве «пожалования» князю Григорию Борисовичу за заслуги из очередного «конфиската» или пришло в род как приданое. Вплоть до 1917 года оно оставалось собственностью князей Юсуповых.