После переезда в Москву Николай Борисович первоначально планировал поселиться именно в Спасском и начал отделывать здесь большой летний дом. Архангельского еще не имелось и в проекте. В усадьбе начались большие строительные работы, позднее заброшенные ради грандиозных работ в Архангельском.
Юсуповы не забывали о семейной усыпальнице. Церковь постоянно ремонтировалась. В 1874 году по указанию князя Николая Борисовича-младшего производился капитальный ремонт всего храмового комплекса, включая и усыпальницу деда. Вот что рассказал о посещении Спасского в книге мемуаров князь Феликс Юсупов-младший:
Как известно, при большевиках в нашей стране имелся большой дефицит промышленных площадей. Поэтому для нужд производства приспосабливались самые неожиданные сооружения. Так, в часовне преподобной Ксении Петербургской на одном из ленинградских кладбищ была устроена мастерская сапожника — так будто бы кладбищенское население сильно нуждалось в ремонте обуви! Жители же подмосковного Долгопрудного остро нуждались в печатном слове. Поэтому, когда село Спасское-Котово в 1963 году вошло в границу города, сельский храм не сломали, как предполагала традиция безбожных пятилеток или хрущевской «оттепели», а превратили в местную «образцовую типографию». Чье имя она носила — Урицкого или Кирова, к сожалению, выяснить не удалось, что теперь не столь уж важно.
Церковь села Спасского разделила участь множества православных храмов России. Полностью уничтожено ее художественное убранство, судя по фотографии, не самое рядовое. Опять же по традиции производилась ликвидация завершения здания: купола, кресты и ярус колокольни были разобраны в целях лечения типичной партийной болезни — крестобоязни.
Однако в начале 1960-х годов церковь получила официальный статус памятника архитектуры. Началась ее «медленная реставрация». Храм внесен в «Каталог памятников архитектуры Московской области», изданный в 1975 году после многих лет подготовки. Никакого «затопления водами Клязьменского водохранилища», как утверждали отдельные «знатоки» нашей подмосковной культуры, не наблюдалось. Могильные плиты Юсуповых, что понятно и характерно для той поры, оказались скрыты — над каменным полом храма был сооружен деревянный — для удобства установки типографского оборудования. Что стало с семейными склепами или склепом — пока достоверно неизвестно; понятно только, что свод над подвалом сохранился вполне благополучно. Главный вопрос — состояние праха погребенных.