Здесь во II в. н. э. проповедовал ученик апостола Петра, римский папа Климент I, сосланный в Крым по приказу императора Траяна (98–117). По преданию, святого Климента утопили в море, привязав на шею корабельный якорь. Однако два верных ученика святителя, Корнилий и Фив, отметили место казни, и память о том сохранилась среди херсонесцев. Обретение мощей мученика состоялось в начале 860-х гг., когда Херсонес посетили славянские просветители Кирилл и Мефодий. Создатели славянской азбуки извлекли с морского дна мощи святого Климента и торжественно, при стечении духовенства и горожан, положили их в Кафедральном соборе в нише под алтарем. К тому времени в городе уже имелась община русских купцов, многие из которых приняли христианство. За литургией в одном из многочисленных городских храмов солунские братья обнаружили Евангелие, написанное загадочными «русскими письменами». Эта находка в дальнейшем помогла им в создании азбуки для всех славян и просвещении славянских народов.
В VI в., при императоре Юстиниане I, который стремился укрепить имперские провинции, Херсонес был отстроен заново. Город опоясали мощные стены, за которыми появились красивые каменные дома и мощеные улицы, водопровод, большая городская площадь, множество храмов, построенных в форме базилик или ротонд. Благодаря новым укреплениям Херсонес во время Великого переселения народов ни разу не был взят варварами.
Ромейские василевсы всегда заботились о своем дальнем форпосте. Но Херсонес никогда не забывал, что он возник как вольное поселение выходцев из Гераклеи Понтийской, и когда-то на его площади стоял камень с клятвой не сдавать город «ни эллинам, ни варварам» и не поступаться принципами народоправия. При первой же возможности горожане стремились вернуть самостоятельность.
В конце VII — начале VIII вв., когда Византию сотрясали непрерывные вторжения славян, арабов, булгар, хазар и других народов, далекий таврический город во многом был предоставлен самому себе и сумел добиться довольно широких прав самоуправления. Не удовольствовавшись этим, херсониты пытались вооруженным путем добиться полного отделения от империи. В VIII–IX вв. василевсам пришлось подавлять одно за другим несколько восстаний херсонитов.
Х век принес с собой некоторое успокоение в отношениях империи с непокорным городом. Обескровленный и ослабленный экономически, Херсон послушно взял на себя роль форпоста имперской политики в Северном Причерноморье. Однако в Константинополе были прекрасно осведомлены о том, что глубинное недовольство херсонитов центральной властью отнюдь не исчезло. Не случайно Константин Багрянородный в своих советах сыну («Об управлении империей», глава 53) подробнейшим образом описал политическую историю Херсона, особо остановившись на системе административно-экономических мер, при помощи которых предыдущим василевсам удавалось удерживать город в подчинении. Рекомендуя никогда не терять контроля над местными властями, он приводит совет, некогда данный императору Феофилу (829–842) одним из его чиновников: «Если ты хочешь всецело и самовластно повелевать крепостью Херсоном и прилегающими к нему местностями, чтобы он не выскользнул из твоих рук, избери собственного стратига и не доверяй их протевонам и архонтам». Если же мятеж все-таки случится, то действовать надлежит быстро и решительно: конфисковать все херсонские корабли в столице, вместе с их содержимым, и организовать блокаду города, запретив «кораблям и береговым суденышкам Понта переплывать через море в Херсон с хлебом или вином, или с каким-либо иным продуктом, или с товаром».
Действенность этих репрессивных мероприятий основывалась на том обстоятельстве, что благосостояние Херсона, к несчастью для него, находилось в жесткой экономической зависимости от торговли с империей. Заключительная часть советов Константина не оставляет никаких сомнений на этот счет: «Знай, что если херсониты не приезжают в Романию [Византию] и не продают шкуры и воск, которые они покупают у пачинакитов [печенегов], то не могут существовать. Знай, что, если херсониты не доставляют зерно из Аминса, Пафлагонии, Вукеллариев и со склонов Армениака (причерноморские провинции империи в Малой Азии. —
Когда в 988 г. мятежный полководец Варда Фока подчинил себе все малоазийские провинции империи, херсониты перешли на его сторону. Не исключено, что между Фокой и херсонитами имела место политическая договоренность, и Херсон примкнул к мятежу в надежде обрести, наконец, вожделенную вольность. Сепаратистские настроения в городе были по-прежнему сильны. Стоит только вспомнить, что во время вторжения Святослава на Балканы сын херсонского протевона Калокир открыто изменил империи и даже сам претендовал на трон василевсов.