Христология Нестория, так же как его учителей – знаменитых церковных писателей Антиохийской школы Феодора Мопсуестийского и Диодора Тарского, в определенной мере построена на отталкивании от христологии Аполлинария Лаодикийского и ариан, согласно которой ипостась Слова замещает в воплощенном Христе человеческий ум и, соответственно, Слово и воспринятая Им плоть образуют нечто наподобие единой природы, или ипостаси. Несторий воспринимал учение св. Кирилла, который настаивал на необходимом и природном соединении Логоса с человеческой природой (представляющей собой плоть и животную душу) и говорил о Сыне, используя аполлинарианскую формулу: «единая природа Бога-Слова воплощенного» ( μία φύσις τοῡ θεοῡ λόγου σεσαρκωμένη) (сам СВ. Кирилл считал, что эта формула принадлежит св. Афанасию Александрийскому), – как рецидив апол-линарианства.
Сам Несторий понимал соединение человеческой и Божественной составляющих во Христе как основанное не на необходимости природы, но на реальности любви, «благоволения» Божия. Он говорил про связь Бога-Слова и человеческой природы, понимаемой как «сочетание по благоволению» ( συνάφεια καθ’εὐδοκίαν), которое является «совершенным», «точным» и «постоянным». Несторий не говорил о единой «ипостаси» Христа («ипостась» он понимал как осуществление природы в единичном сущем), но вел речь о едином Лице ( πρόσωπον) Христа (таким образом, Несторий, в отличие от Каппадокийских отцов, различал понятия «ипостась» и «лицо»). Вместе с тем он мог говорить о двух ипостасях, соответствующих природам, во Христе, однако когда св. Кирилл обвинял его в том, что он учит о двух Сынах – Сыне Божием и Сыне человеческом, Несторий открещивался от такого понимания его позиции и утверждал, что подобные обвинения беспочвенны.
Самым проблемным местом в учении Нестория является вопрос о единстве Лица Христа, т. е. вопрос о том, что именно определяет это единство (неоднозначность и неудовлетворительность решения этого вопроса Несторием – важнейший из факторов, повлекших обвинения его в еретичности). Несторий мог говорить о волях, относящихся соответственно к Божественной и человеческой природам воплощенного Бога-Слова, однако он мог вести речь и об одной личной воле Христа; точно так же он мог говорить о лице, относящемся к человеческой природе Христа и к Божественной природе, и вместе с тем – о «Лице единения», которое относится ко Христу как индивиду. Соотношение этих аспектов в учении Нестория – когда подразумевается и двойственность, и единичность воли и лиц во Христе – не вполне понятно. Возможно, в системе Нестория оно решается посредством оригинального учения о взаимном использовании природными лицами друг друга, когда утверждается, что то, что принадлежит одной природе, принадлежит и другой и наоборот.
Движение несториан, не признавших осуждения Нестория, распространилось на Восток вплоть до Китая и Монголии. Церковь Востока не признала анафемы Эфесского собора на Нестория и анафемы на Феодора Мопсуестийского, провозглашенные на V Вселенском соборе. В 539/540 г. написанная Несторием книга Гераклида была переведена на сирийский язык и сыграла важнейшую роль в развитии учения Церкви Востока, не состоящей в церковном общении с православной Церковью. Церковь несториан существует по сей день.