Важное затруднение в первые годы представлял вопрос о жалованье синодальным членам. Оклады им по тому времени были значительные: вице-президент получал 2500 рублей, советник — 1000, асессор — 600 рублей. Но откуда брать деньги? Табельные доходы были все распределены, и в 721 и в 722 годах синодальные члены и приказные служители должны были получать жалованье из собранных в Синод денег с раскольников, с неисповедовавшихся, из штрафных денег и лазаретных. Но в январе 1723 года Синод получает грозный указ: «Понеже ведомо нам учинилось, что Монастырским приказом, который в ведении синодском, великая сумма в положенные места не дослана, от которой недосылки полевой армии бедным солдатам в даче жалованья учинилась остановка и не получают уже близко года, а иные и по году, того для, пока та недосланная сумма в определенные места от вас не выплатится, по то время денежного жалованья как себе, так и прочим вашим подчиненным и по монастырям чернецам (также и на строение) давать запрещается, кроме хлеба и прочих нужных необходимых потреб, что к пропитанию надлежит». Синод отвечал: «По оному вашего величества указу о собрании и платеже оной недосланной суммы (что хотя и не от синодского неисправления, но от неудовольствования из Камер-коллегии книг и от неприсылки из Сената потребных к тем сборам офицеров и царедворцев учинилось) попечение Синод всегда имел и имеет со всяким усердием и ныне о том указами подтверждает и жестоким прощением; а о даче жалованья, также и о строении доносить: понеже в строениях находится гошпиталь лечебная, по именному вашего величества указу в Москве строящаяся, на которую несколько казны уже и употреблено, и еще требуется, и преминуть того нельзя; также и из членов и служителей синодских светского чина, кроме определенного им жалованья, никаких доходов всеконечно неимеющие обретаются, которым ныне сказано ехать в С.-Питербурх, а подняться весьма без дачи жалованья невозможно». Петр написал: «Дать жалованья на полгода, которые едут в Питербурх, тем, которые вотчинами не владеют, но токмо с жалованья одного пропитание имеют». Феофан Прокопович, архиепископ псковский, обратился к императору с просьбою: «Понуждаемый скудостию моею и уповая на отческое милосердие вашего величества, дерзаю всемилостивейшего моего государя турбовать сим моим прошением. Врученная мне епархия велми скудна; в прошлом году писано ко мне из дома архиерейского, что по раздаче церковным и домовым служителям осталось денег рубль тридцать алтын и четыре деньги. А дом я застал весма нагий и пометеный. И тако на едино хлебородие некая осталась было надежда, но и того скудно; триста дворов, сказуют, на лице насилу сыщется: мором пустоты много сделалося. И еще чрез несколько лет прежде меня и при мне великий недород был. Еще ж бы сноснейшая скудость была в Пскове, но понеже жить велено в С.-Петербурге (что мне благоприятно и радостно есть), то и иждивение стало не по доходам; пиво, дрова, иногда же и сено покупаем, негде скотины держать, некуда лошадей выгнать. Села подмосковные (которые мне всемилостивейший государь пожаловал) еще мне никакого доходу (кроме сена для лошадей) не показали ради великого прошлолетнего неплодствия; и понеж нужда явилася покупать лошадки и прочую скотину для навозу и других потреб, то еще и убыток стался: вся польза, какова-то будет, еще в надежде и ожидании, и, если бы ваше императорское величество не пожаловал меня изначала несколько тысячьми рублев, воистину бы крайняя нужда и изначала была. Ныне вся была надежда на синодское жалованье. А сим денгам было бы у меня иное место: робят маленьких до двадцати человек учу, кормлю и одеваю, да и библиотеку порядочную собираю, на тысячу шестьсот рублев уже книг купил, и если змогу, никогда куповать не перестану, и, служа таковой прихоте моей, служу, кажется, и общей пользе: никому никогда (хотя бы крайняя нужда) библиотеки продавать не мышлю, но по мне будет там, где государь повелит. А ныне и жалованье давать не велено; и так я в самую крайнюю нужду пришел. На известной вашего величества милости уфундовал упование, занял в Синоде в прошлом году 3200 рублев, надеялся выплатить из жалованных денег, упросив срок четырех годов, и купил дом, хотя еще нужной пристройки требующий. А ныне по предложению г. обер-прокурора синодального домогаются на мне выплаты долга того, когда я ничего не имею и жалованья лишен стал». В январе 1724 г. состоялся именной указ: если члены Синода могут из своих епархий, монастырей и церквей получать из остающихся за расходом денег сумму, равную положенному им жалованью, то пусть получают и в таком случае жалованья уже не требуют; если же этих денег по окладу не достанет или вовсе ничего не придет, то должны просить и получать из государственной суммы.