В декабре 1636 года некоторые из духовенства вызвали ее, пытаясь заставить отречься от своих взглядов, и среди них был, к ее удивлению, ее английский служитель и друг Джон Коттон. Коттон вначале поддерживал ее, но теперь публично отвергал ее учение. Ответы Анны на их вопросы и критику были искренны и строги, что только способствовало увеличению ненависти к ней. Ее враги вскоре начали сравнивать ее с Иезавелью из Ветхого Завета, хотя друзья сравнивали ее с Присциллой из Нового Завета. Как и Присцилла с Аполлосом, Анна как можно точно пыталась объяснять Писание приходящим к ней за помощью женщинам, но теперь каждый человек, который прибыл в Америку, чтобы избежать преследования в Англии, стал ее гонителем.
Учение Анны было заклеймено как ересь антиномианизма, и губернатор колонии собирался наказать ее и ее многочисленных последователей в Бостоне. Когда один из ее сторонников Генри Вейн нанес поражение правителю Джону Винтропу в 1636 году и стал прави-1елем колонии, пуритане воспротивились ему и в следующем году возвратили Джону Винтропу правление колонией. Под руководством Винтропа синод служителей осудил доктрины Анны в августе 1637 года. В ноябре она была приведена на суд перед правителем в мрачной церкви в Нью Тауне, на берегу реки Чарльза, напротив Бостона и признана виновной в мятеже и неуважении к власти.
В суде она говорила, что прибыла в Новую Англию, потому что так повелел ей Господь. Обвинитель спросил ее: "Откуда ты знаешь, что с тобой говорил Господь, а не сатана?" Она ответила: "Откуда Авраам знал, что это Господь сказал ему принести в жертву его сына? Я также знаю голос Божьего Духа в моей душе".
Хотя ее ответы соответствовали Писанию, они только вызывали ненависть в ее врагов, теперь считавших, что она слишком высоко себя ставит, возможно, даже выше их. Поэтому они приговорили ее. Правитель Винтроп сделал заявление: "Ты изгоняешься из нашей колонии, как женщина, которая не подходит нашему обществу".
Анна спросила: "Я хочу знать, почему меня изгоняют?"
Винтроп ответил: "Не говори больше ничего, суд знает почему, и этого достаточно".
Кроме всего прочего, Анну приговорили за "проведение двух публичных учений каждую неделю в ее доме и за критику всех служителей, за исключением мистера Котгона, за то, ч го те не проповедовали о завете свободной благодати".
Здоровье Анны было подорвано вынашиванием и рождением большого количества детей, кроме того, в это время она была беременна и вынашивала шестнадцатого и последнего ребенка, а также из-за ее забот о такой большой семье и постоянного служения всем приходящим к ней. Кроме изгнания, она была приговорена к четырехмесячному заключению. Но так как в то время в Массачусетской колонии не было тюрьмы, а она не могла путешествовать зимой из-за своего слабого здоровья, она была заточена в соседнем Роксбери в доме, принадлежавшем родственнику одного из служителей, обвинявших ее.
В марте 1638 года ее снова привели на суд, на этот раз суд пуританской церкви, обвинявшей ее в том, что она не придерживалась ортодоксальных взглядов. Процесс происходил в ее собственной Первой церкви Бостона, в коюрой был пастырем Джон Вилсон. Все поселенцы, высокого и низкого происхождения, отовсюду, включая правителя Винтропа, наполнили маленькую церковь. Однако там не было основной ее поддержки - женщин, которых она учила и консультировала в своем доме. Некоторые из них были изгнаны из колонии, некоторые сами уехали из-за неприятия преследования Анны, а некоторые просто боялись, чтобы о них не узнали, как о ее друзьях и сторонниках. С Анной были только ее сын Ричард и зять Томас Севейдж.
Суд шел несколько дней. В это время ее пастор Джон Вилсон резко выступал против нее в собрании, как раньше поступил ее бывший советник и друг Джон Коттон. В последний день Вилсон случайно или умышленно извратил сделанное Анной утверждение и презрительно сказал ей. "Ты сказала, что можешь не грешить?" Анна ответила' "Если мое сердце право, я не грешу". Он продолжил: "А твое сердце право?" Анна ответила: "Я стараюсь сделать его правильным".
Ей дали подготовленное исповедание и сказали, чтобы она прочитала его громко, но она читала его едва внятным голосом со склоненной головой. В исповедание включили, кроме всего прочего, и то, что она неправильно истолковывала Библию и недобро высказывалась о духовенстве. Анна попросила разрешения помолиться об этом и сказала, что корень ее ошибок был в гордости ее духа. В ответ на ее замечание один из обвинителей крикнул: "Ты забыла свое место. Ты была мужем, а не женой, проповедником, а не слушателем, руководителем, а не подчиненным". Другой сказал: "Ты поставила себя на место Бога, чтобы быть превознесенной и обожаемой и чтобы люди следовали за тобой. Твои грехи раскрыли тебя".