Мери выросла в Англии, затем она и ее муж Уильям эмигрировали в Бостон в 1635 году. Они присоединились к Первой церкви в Бостоне, где Мери познакомилась с Анной Хатчинсон, которая сильно повлияла на ее религиозные взгляды. Во время суда над Анной в 1638 году Мери была одной из немногих, защищавшей ее, и когда Анна была изгнана из колонии и отправилась на Род-Айленд, Мери и ее семья последовали за ней. Когда новость об убийстве семьи Хатчинсон достигла Провиданса, Мери сделала трогательное похоронное заявление в своей церкви, которую они обе посещали. Их общие пуританские враги считали, что фактически Анна заразила Мери своими коварными и ошибочными доктринами.
В 1651 году муж Мери отправился вместе с Роджером Уильямсом в Англию, чтобы подтвердить свое право на владение землей. Мери отправилась с мужем и оставалась там в течение четырех лет, хотя он вернулся на Род-Айленд в 1652 году. Во время пребывания в Англии она присоединилась к "Обществу друзей", которое было известно под именем "Квакеры". До того, как Мери возвратилась в Америку примерно в 1655 или 1656 году, квакеры достигли Бостона и вызывали своей верой еще большую ненависть у духовенства и пуританских властей, даже большую, чем по отношению к Анне Хатчинсон.
Вот основные пункты несогласия с квакерами со стороны людей в Массачусетс Бей:
Когда корабль Мери прибыл в Бостон, она намеревалась просто пройти через город в Род-Айленд. Но вскоре после их сошествия с корабля она и женщина-квакерша Анна Бурден, прибывшая с ней в Америку из Англии по делам своего мужа, были арестованы и заключены в темницу. Когда Мери не прибыла в Род-Айленд в установленный срок, ее муж начал спрашивать о ней и узнал, что она находилась в темнице в Бостоне. Он немедленно отправился туда, но не мог освободить ее, пока не поклялся, что она не останется ни в каком городе колонии Массачусетс Бей, и по пути домой ни с кем не будет говорить.
Так как Мери Даер и Анна Бурден были арестованы так спешно и безо всяких причин, возможно, они достигли Бостона ко времени, когда Генеральный суд колонии Массачусетс Бей издал декрет против квакеров 14 октября 1656 года.
Декрет Генерального суда в Бостоне от 14 октября 1656 года