28 января 1547 года король Генрих VIII умер, и в этот день его единственный сын Эдвард VI стал королем Англии. В это время Эдварду не было еще и десяти лет, он был рожден от третьей жены Генриха Джейн Сеймур 12 октября 1537 года. В своем завещании Генрих назначил совет из шестнадцати человек для управления Англией, пока Эдвард не достигнет совершеннолетия, но это назначение длилось недолго, так как дядя Эдварда, Эдвард Сеймур, герцог Сомерсет, как покровитель взял правление в свои руки. Два года спустя в 1549 году Сомерсет утратил власть, и Джон Дадли, герцог Норсамберленд, стал регентом Англии до совершеннолетия Эдварда.
Король Эдвард VI был обучен протестантскими учителями, и в результате чего был благосклонен к протестантским реформам в церкви Англии. "Книга общих молитв" была составлена архиепископом Томасом Кранмером и впервые издана во время правления Эдварда.
Вскоре после того, как Эдвард стал королем, Хупер решил вернуться в Англию, чтобы самым лучшим образом способствовать Божьей работе. Он поблагодарил своих друзей из Цюриха за их доброту и человеколюбие по отношению к нему и сообщил им о своем отъезде. Господин Буллингер сказал ему:
Хупер ответил: "Ни наслаждение страной, ни наслаждение богатством, ни новые друзья не смогут заставить меня забыть вас, моих друзей и благодетелей. Время от времени я буду писать вам и сообщать вам о течении дел. Но самую последнюю новость я не смогу сообщить вам,- он взял руку господина Буллингера,- за это я должен пострадать и вы услышите, что меня сожгли, и я превратился в пепел".
Когда Хупер вернулся в Лондон, он начал постоянно проповедовать, в основном дважды в день, но никогда не упускал возможности проповедовать хотя бы раз в день. Послушать его проповедь приходило так много людей, что церкви были переполнены и опоздавшие не могли даже войти в двери. Он был честен в своих доктринах, красноречив, прекрасно разбирался в Писании и был неутомим в своей работе.