В последние годы правления короля Генриха VIII, когда зарождалась протестантская церковь Англии, с Марией очень жестко обращались, пока она не согласилась с разводом Генриха с ее матерью Катериной и не отреклась от римской католической веры. На самом же деле, она оставалась верна католической вере и никогда ее не оставляла.
Вскоре после восшествия на престол Мария восстановила католицизм в Англии и заново утвердила традиционное служение и авторитет папы. Спустя год она вышла замуж за Филиппа II, будущего короля Испании (1556 г.), сына святого римского императора Чарльза V. Вместе они правили Англией до конца ее жизни. Она получила прозвище "Кровавая Мария" за преследование и сожжение около 300 протестантов за их религиозные взгляды.
Вскоре после ее коронации Джон Хупер, епископ Ворчестерский, стал первым, которому было приказано явиться к ней. Хупер знал о злых намерениях королевы Марии по отношению к себе, его предупреждали многие друзья, которые убеждали его бежать и позаботиться лично о себе, однако он не захотел оставить Англию. "Однажды я уже бежал,- сказал он,- но теперь я готов встретить все, что ждет меня впереди. Я хочу жить и принять смерть с моими овцами".
Хупер предстал перед королевой 1 сентября 1553 года и был встречен высокомерными упреками, насмешками и оскорблениями. Несмотря на это, он свободно и ясно рассказал о своей жизни как епископа и своих доктринах. В конце слушанья его отправили в темницу, но не за религию, а обвинили в присвоении денег королевы, чего, естественно, он не совершал.
19 марта 1554 года Хупера призвали явиться пред лордом канцлером Винчестером и другими членами комиссии, которые представляли королеву. Винчестер спросил Хупера, был ли он женат. Хупер ответил: "Так, господин мой, и я не стану неженатым до тех пор, пока смерть не сделает меня неженатым".
Возможно, потому что римское католическое духовенство не могло жениться, его ответ был встречен громкими криками, смехом и неприличными жестами.
Епископ Чичестера доктор Дей назвал Хупера лицемером и ханжой и осыпал его злыми и оскорбительными словами. Епископ Тонстал, его секретарь по имени Смис, и другие называли Хупера скотиной.
Тонстал, епископ Дурхама, спросил Хупера, верит ли тот в телесное присутствие Христа в причастии, то есть в то, что причастие является реальным телом Христа. Хупер ясно сказал, что такого не бывает и он не верит в это. Лорд канцлер Винчестер спросил его, благодаря какому авторитетному источнику он перестал верить в телесное присутствие Христа в причастии. Хупер ответил: "Благодаря авторитету Божьего Слова". Секретарям было поручено написать в отчете, что он женат и отказался оставить свою жену, что он не верит в телесное воплощение Христа в причастии. За эти преступления его лишили епископского звания.
7 января 1555 года из Флитской тюрьмы господин Хупер так описывал свои испытания: