В результате в 1530 году доктор Кранмер был назначен послом в Риме вместе с доктором Стокесли, графом Уилтширским, а также с другими. В это время папа Климент VII находился в Бологнии в северо-центральной Италии, и там они встретились с ним Климент был одет в обычное богатое облачение согласно его должности и в сандалиях на ногах. Согласно традиции он выставил свою ногу, чтобы они ее поцеловали, но доктор Стокесли отказался и оставался стоять, что ободрило его спутников удержаться от такого идолопоклонства. В этот момент, однако, спаниель, принадлежащий доктору Стокесли, стал перед папой, и когда он увидел большой палец ноги папы, тот ему так понравился, что он укусил его, папа дернул своей священной ногой и ударил ею собаку.
Немного оскорбленный, папа захотел узнать, в чем причина их визита. Они представили ему записанное на бумаге мнение доктора Кранмера по вопросу брака короля Генриха и сказали, что они прибыли в Рим, чтобы защищать это мнение, которое утверждало, что согласно Слову Божьему никакой мужчина не имеет права вступать в брак с женой брата, и папа не имеет права отвергать Писание. Папа отнесся к ним очень учтиво и обходительно, молвил, что вскоре скажет им свое решение, и отпустил их. Больше они его не видели.
В то время как другие вернулись в Англию, доктор Кранмер отправился встретиться со святым римским императором Чарльзом V по делу короля Генриха и убедил его, что написанное им мнение по этому вопросу соответствует Писанию. Он также в 1531 году уехал в Германию, чтобы заручиться поддержкой протестантских князей. Находясь там, несмотря на то, что был священником, вступил в брак с племянницей Андреаса Осиандра, лютеранского теолога, которую он встретил в Нуремберге. Оставил молодую жену с Осиандром, вернулся в Англию, а затем послал за ней Она пробыла с ним до 1539 года, в котором Генрих издал свои "Шесть статей закона", после чего был вынужден отправить ее в Германию, где она остановилась у его друзей.
В 1529 году король Генрих гневно лишил кардинала Уолси должности лорда канцлера. Сэр Томас Мор, римский католик, вместо него был назначен лордом канцлером. В 1532 году Мор отказался от этой должности, как говорят, из-за болезни, но, возможно, он поступил так из-за несогласия с вмешательством правительства в римскую церковь.
После отставки Мора король Генрих назначил новым главным министром Томаса Кромвеля. Вскоре Кромвель предложил разорвать отношения с папой, чтобы архиепископ Кантенберский мог дать разрешение на развод Генриха. В 1533 году Парламент принял этот законопроект. В результате Генрих мог вступить в браке Анной Болейн, а церковь Англии была провозглашена независимой национальной церковью, которая больше не имела общения с римской католической церковью или с папой.
30 марта 1533 года, вскоре после того, как Кранмер вернулся в Англию, он был назначен архиепископом Кантенберским, служение которого раньше исполнял доктор Ворхам, перед смертью советовавший доктору Кранмеру занять его место. 23 марта архиепископ Кранмер провозгласил, что брак Генри и Катерины был незаконным
Как и Катерина, Анна Болейн не смогла родить Генриху сына, и он вскоре потерял к ней интерес. В 1536 году после рождения мертвого мальчика она была арестована и обвинена в прелюбодеянии. Когда она была признана виновной, архиепископ Кранмер объявил их брак недействительным. В результате ее обезглавили 19 марта 1536 года. Через одиннадцать дней после ее казни король Генрих вступил в брак с Джейн Сеймур, которая была свидетельницей на свадьбе у Анны Болейн. Хот Кранмер был другом Анны Болейн, было очень опасно идти против тираничного монарха.
Джейн Сеймур выносила Генриху долгожданного сына Эдварда, который должен был стать королем Англии после смерти Генриха. Но после его рождения она жила только двенадцать дней и умерла 24 октября 1537 года.