Во время правления Эдварда Кранмер трудился над славной Реформацией с неизменным рвением, даже болея жестокой лихорадкой в 1552 году, за исцеление от которой он возблагодарил Бога, чтобы он смог засвидетельствовать своей мученической смертью истину, семена которой усердно насаждал. Одна из его великих работ, выполненных во время правления короля Эдварда,- первая "Книга общих молитв",вышедшая в 1549 году, ее исправленное издание появилось в 1552 году, создан письменный труд о вероисповедании в 1553 году под названием "Сорок две статьи", основное полное изложение доктрин церкви Англии, в которых шла речь об оправдании верой. "Книга общих молитв" объясняла порядок поклонения в церквах Англии. Заслугой архиепископа Кранмера было устранение папских молитвенных книг на латыни и издание книги на английском языке в подражание примеру ранней церкви; книга, которая по своему содержанию была духовной и соответствовала Писанию, была инструментом к объединению церкви и государства. Новая книга содержала в себе описание ежедневных утренних и вечерних молитвенных служений, крещения, Господней вечери, служения конфирмации, бракосочетания, церковных обрядов над женщинами, посещения больных и погребения. В 1550 году в книгу было добавлено описание посвящения в духовный сан. Также благодаря Кранмеру Библия на английском языке была во всех приходских церквах Англии.
Перед самой смертью короля Эдварда в июле 1553 году Джон Дадли, герцог Нортумберлендский, убеждал его провозгласить леди Джейн Грей, невестку Дадли, наследницей престола. С этим согласился собор епископов и королевские советники, король утвердил это в своем завещании. Затем они послали за архиепископом Кранмером и просили его подписать завещание. Но он сказал, что это противоречит завещанию короля Генриха, которым он назначил Марию наследницей престола, сказав, что он подписал то завещание и не может подписать противоречащее ему. Далее он сказал, что не является ни для кого судьей, но ответственен только лишь перед своей совестью и не подпишет, не поговорив прежде с самим королем. Эдвард сказал, что дворяне и юристы посоветовали ему назвать леди Джейн его наследницей, и Кранмер с тревогой подписал завещание.
[Здесь мы опять видим компромисс, допущенный архиепископом Кранмером. Этот утвержденный дух ил и качество идти на компромиссы вскоре послужат причиной возникновения душевных и сердечных страданий. Возможно, в этом состоит урок для нас, когда мы идем на компромисс в малом - это, несомненно, приведет нас к компромиссу в главном].
Когда король Эдвард умер, архиепископ Кранмер остался незащищенным пред яростью врагов. Многие из тех, кто согласился с возведением леди Джейн Грей на престол, были прощены, отделавшись лишь только штрафом, за исключением герцога Нортумберлендского и герцога Суффолкского, которые были обезглавлены, а также архиепископа Кранмера. Его судил парламент и признал виновным в предательстве Хотя он хотел обратиться к королеве Марии за прощением, она отказалась встретиться с ним. Затем он послал смиренное прошение к ней, объясняя ей причину, почему он подписал завещание Эдварда в пользу леди Джейн, но на него не было никакого ответа. Королева Мария была ожесточена в отношении архиепископа Кранмера, который принимал участие в разводе Генриха с ее матерью, а так как она придерживалась папистских убеждений, то ее возмущало, что во время правления ее брага Кранмер заменил римскую католическую веру в Англии на протестантскую.
В самом начале 1554 года Кранмер написал письмо собору епископов, в котором умолял их получить для него прощение от королевы. Письмо было доставлено доктору Уестону, члену совета который прочитал его и возвратил Кранмеру. Вскоре после этого прошел слух, что архиепископ Кранмер вновь восстановил папскую мессу, чтобы снискать расположение королевы, но он публично отверг это обвинение и письменно подтвердил свои сорок два догмата веры. Мистер Скори, епископ Чичестера, прочитал это утверждение и спросил у архиепископа, можно ли ему взять копию этого утверждения. Скори затем передал эту копию одному своему другу, который сделал множество копий и распространил их. Вскоре каждый писец занимался изготовлением копий и продавал их. Некоторые из копий попали к членам епископского собора, и Кранмеру было приказано явиться к ним.
Когда он прибыл, личный епископ королевы спросил его: "Мой господин, везде распространены письма от твоего имени, в которых, кажется, говорится о том, что ты беспокоишься, чтобы месса снова была восстановлена. И я не сомневаюсь, что ты жалеешь о том, что это письмо попало за границу".
Кранмер ответил: "Я не отрицаю того, что я автор этого письма. Я думал о том, чтобы повесить его на входе в церковь Св. Павла и на дверях всех церквей в Лондоне с моей печатью на нем". Когда они увидели его твердость, они отпустили его.